Actualmente existe una preocupación generalizada en cuanto al desmedido crecimiento de algas en los cuerpos de agua debido al riesgo que implica su presencia y los efectos negativos sobre los diferentes ecosistemas asociados al recurso. Esta situación hace evidente la necesidad de entender y caracterizar los mecanismos bajo los cuales se presentan las algas en los cuerpos de agua, su dinámica y los diferentes factores que tienen incidencia en su crecimiento y proliferación. El incremento en el contenido de nutrientes y la temperatura se consideran dos de los factores más importantes e influyentes en el crecimiento de algas. Sin embargo, las algas debido a su naturaleza son capaces de adaptarse, sobrevivir y dominar los sistemas acuáticos siendo necesario no sólo tener en cuenta las nutritivas y cálidas condiciones del agua sino también los aspectos dinámicos como factores determinantes de su comportamiento. La dinámica de los procesos biológicos y químicos, agentes fundamentales en la calidad del agua, depende, entre otros, de los procesos de transporte, y éstos a su vez, de la variabilidad espacial y temporal de los agentes forzantes. La acción del viento, los flujos de calor atmosféricos, afluentes y efluentes naturales y antrópicos tienen influencia en los procesos físicos que determinan la dinámica de la estructura térmica y la calidad del agua, ya que todos ellos intervienen en el intercambio, transporte y mezcla de nutrientes a través de la columna de agua. Debido a la complejidad de este tipo de estudios, se han venido desarrollando e implementando diferentes técnicas y modelos computacionales capaces de reproducir en gran medida los fenómenos que ocurren en los cuerpos de agua. El modelo ELCOM-CAEDYM es uno de ellos. Este modelo se ha empleado en una amplia variedad de investigaciones encontrando que reproduce de forma adecuada los mecanismos que controlan la dinámica de los afluentes y la respuesta del fitoplancton a los forzantes hidráulicos. De esta forma es claro que para realizar un diagnóstico completo de la calidad del agua en un cuerpo de agua se requiere de un análisis conjunto entre los mecanismos físicos presentes en el sistema y la respuesta biológica y química de los organismos ante forzantes externos e internos.