La familia Solanaceae es considerada como el tercer taxón botánico más importante a nivel agronómico, por lo que mundialmente sus especies corresponden a uno de los grupos de plantas mejor estudiadas en su biología, ecología e interacciones con otros organismos, incluyendo sus patógenos. En Colombia, las especies de solanáceas de mayor importancia económica en la región andina son afectadas por diversas enfermedades de origen biótico que limitan sus rendimientos y la calidad final de sus productos comercializables. Entre éstas se destacan las enfermedades de origen viral, pues no sólo disminuyen los rendimientos de los cultivos, sino también su longevidad y las características organolépticas de los frutos, con la consecuente reducción de su valor comercial. En las regiones andinas de Colombia se cultivan diferentes solanáceas para el consumo interno y con gran potencial para su exportación como frutas y tubérculos exóticos en el mercado internacional, debido a sus excelentes características nutritivas (ej. vitaminas, antioxidantes, oligoelementos, etc) y de procesamiento en las cadenas de transformación de alimentos. Entre estas especies de plantas se destacan variedades locales de papa común (S. tuberosum subsp. andigena), tomate (S. lycopersicum), pimentón (Capsicum annuum), lulo (S. quitoense) y uchuva (Physalis peruviana). Desafortunadamente, el nivel de conocimiento que se tiene de los agentes causales y de los efectos de la enfermedades virales en dichos cultivos es aún incipiente en nuestro país y por consiguiente las estrategias de manejo que emplean los agricultores para su control resultan ineficientes y en muchas ocasiones su aplicación conduce a efectos adversos, no sólo para la explotación agrícola, sino para el ambiente y la salud pública de los consumidores (ej. utilización de productos químicos sin efecto sobre los virus, selección de vectores por resistencia a insecticidas, problemas en los criterios sanitarios para selección de las semillas, etc). Dada esta problemática de desconocimiento de los componentes del viroma de solanáceas cultivadas en los Andes, en este proyecto se plantea la utilización de metodologías moleculares para avanzar en el conocimiento de las características biológicas de los virus que afectan estas plantas, utilizando como región de estudio la región andina del departamento de Antioquia, como base para el diseño o la validación de pruebas de diagnóstico fitosanitario que fortalezcan los programas de mejoramiento genético, vigilancia cuarentenaria y certificación de material de siembra de estos cultivos en Colombia y otros países andinos. Para esto se emplearán métodos de secuenciación de nueva generación (NGS) y herramientas bioinformáticas para su análisis, así como el diseño de primers específicos para su utilización en pruebas de diagnóstico molecular tipo RT-PCR convencional y en tiempo real (RT-qPCR). Dichas metodologías facilitarán no sólo la identificación de los virus ya conocidos, sino también de nuevas variantes o aún de nuevas especies virales; además de permitir evaluar sus niveles de variación y la afinidad filogenética con otros taxa virales.