En Colombia se encuentra el centro de diversidad de papa criolla (Solanum tuberosum Grupo Phureja), especie diploide (2n = 2x = 24) de importancia económica para los agricultores de nuestro país y objeto de estudio en los programas de mejoramiento de papa en Colombia. El presente trabajo de investigación pretende establecer la diversidad genética y la estructura poblacional de materiales diploides de papa a través del análisis del polimorfismo de marcadores moleculares asociados con rasgo de interés agronómico. Se analizaran 180 genotipos que incluyen la colección de trabajo de Grupo Phureja integrada por 104 accesiones de la Colección Central Colombiana (CCC), 18 genotipos del Grupo Phureja del banco de germoplasma de Alemania y 55 materiales del Programa de Mejoramiento de Papa de la Universidad Nacional. La caracterización molecular de los diferentes genotipos se realizará a través del polimorfismo detectado en marcadores moleculares asociados con resistencia a Phytophthora infestans, virus y calidad de tubérculo desarrollados por el grupo de investigación en papa del Instituto Max Planck de Alemania. Posteriormente, se elaboraran análisis multivariados, de distancia genética e inferencia poblacional bayesiana, que permitan determinar la estructura poblacional del Grupo Phureja, constituyéndose como un análisis base para establecer estudios de mapeo por asociación y selección asistida por marcadores moleculares, que conducirán al desarrollo de cultivares mejorados del Grupo Phureja.