El chigüiro, Hydrochaeris hydrochaeris, ha sido considerada especie promisoria por su alta productividad de carne, su potencialidad de reproducción y la finura de su piel. Aunque en Colombia no existe una tradición de consumo, sus poblaciones han estado sometidas desde hace varias décadas a fuertes presiones, principalmente la competencia con el ganado vacuno y la exportación ilegal de carne hacia Venezuela, lo que se piensa, ha diezmado las poblaciones hasta causar extinciones locales en algunas regiones del país (Mesa 2005). Es necesario por tanto generar estrategias que permitan diagnosticar el estado de las poblaciones afectadas y su viabilidad a largo plazo y además, proponer planes para la recuperación de poblaciones locales que se encuentren en peligro de extinción. En este contexto es importante usar la genética como una herramienta para estimar el riesgo que corren las poblaciones y para ayudar a validar estrategias de manejo como reintroducciones o translocaciones que requieren previamente conocimiento de la estructura poblacional. Por ejemplo, poblaciones de tamaño muy pequeño tienden a estar en grave riesgo de extinción por pérdida de diversidad genética. Una forma de aumentar esa diversidad es introducir en tales poblaciones miembros de otras cercanas con mayor diversidad genética. Sin embargo, si las que se introducen son suficientemente diferentes a las que se intenta recuperar, se puede correr el riesgo de mezclar dos pools genéticos diferentes y reducir aún más la viabilidad (Frankham et al. 2002). Por tal razón es necesario tener pleno conocimiento de las poblaciones que se desean recuperar y aquellas que servirán como fuente. Es posible, haciendo un análisis genético, definir unidades de manejo, que evalúan si las poblaciones son iguales o lo suficientemente diferentes para establecer la conveniencia de que se mezclen entre sí (Frankham et al. 2002). Por lo anterior, este estudio utilizará como marcadores regiones microsatelitelaes del genoma de esta especie y las secuencias hipervariables de la región II del gen D-Loop del ADN mitocondrial (mtDNA) (Hartl & Clark 1997).