La búsqueda de levaduras nativas eficientes y de buena adaptación para la producción de bioetanol para uso como biocombustible comprende un proceso de selección bioquímico y molecular. Dada la gran diversidad de especies recuperadas de las muestras ambientales se hace necesario establecer cuáles son las más eficientes para el proceso realizando para ello varios ensayos de fermentación con distintas condiciones de cultivo. Por esta razón, es importante poder efectuar una correcta diferenciación de las cepas aisladas para evitar réplicas de las mismas y de esta forma disminuir el número de ensayos a realizar en el desarrollo de pruebas para verificar cual levadura es la más eficiente para el proceso de fermentación. Una diferenciación morfológica generalmente es insuficiente pues muchas levaduras, inclusive de la misma especie, presentan la misma morfología pero capacidades metabólicas muy diferentes. Varios métodos moleculares pueden ser utilizados para este fin, siendo los métodos de huella molecular o genotipado una opción válida e interesante para la diferenciación pues una vez establecidos permiten un rápido y eficiente análisis de los microorganismos a evaluar. Dentro de los métodos moleculares de genotipado que ayudan al proceso de selección se encuentra la amplificación de las regiones interdelta de levaduras, herramienta que permite diferenciar por debajo del nivel de especie. La amplificación de las regiones interdelta de S. cerevisiae por la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) y la electroforesis de los fragmentos obtenidos en geles de agarosa o de poliacrilamida, permiten obtener perfiles de huella molecular específicos que ayudan a discriminar y clasificar cepas de estas levaduras por debajo del nivel de especie evitando la repetición de experimentos para una misma levadura que hasta determinado momento se podría considerar diferente. En este proyecto se pretende establecer este método para poder diferenciar por debajo del nivel de especie levaduras de Saccharomyces cerevisiae nativas de Colombia para la producción de bioetanol. Los objetivos específicos del proyecto de Trabajo de Grado propuesto se encuadran dentro de un objetivo específico del proyecto Aislamiento, caracterización y evaluación de levaduras nativas del municipio de Puerto López (Meta) para la producción de etanol en el cual participan la Universidad Nacional de Colombia, Ecopetrol y Colciencias.