Según Paliwal 2005, los requisitos para el desarrollo de cualquier tipo de programa de mejora genética es contar con buenos progenitores derivados de fuentes de germoplasma superior con caracteres agronómicos deseables y alta habilidad combinatoria generales y específicos. La variabilidad genética es la fuente importante para obtener ganancias en el programa de mejoramiento genético de los cultivos y ésta se origina por las recombinaciones genéticas producto de la hibridación, por las mutaciones naturales e inducidas y por la poliploidización natural y dirigida. La variabilidad es un hecho esencial en los seres vivientes y las plantas que se reproducen sexualmente pueden generar nuevas estirpes. Por ello se dice que no existe en la naturaleza dos organismos que sean exactamente iguales. Las diferencias pueden tener causas genéticas o ambientales. La mejora genética vegetal es esencialmente una elección hecha por el hombre de las mejores plantas escogidas dentro de una población en la cual exista variabilidad. En otras palabras es una selección, posible gracias a la existencia de variabilidad (Sánchez Monge, 1993). Las tres premisas más importantes para el planteamiento de cualquier programa de mejora genética vegetal son: 1-La existencia de variabilidad o la capacidad para crearla es el primer requisito de todo programa de mejora. 2-La capacidad de detectar dicha variabilidad, o lo que es lo mismo, la habilidad del mejorador para observar las diferencias, que puedan tener valor económico entre plantas de la misma especie y/o la existencia de técnicas capaces de medirlas. 3-La capacidad para manipular dicha variación para producir un nuevo cultivar. Son pocos los países en la zona tropical que han hecho un intento sistemático para clasificar y caracterizar germoplasmas de variedades hortícolas locales y adaptadas a nuestras condiciones, se destaca la Universidad Nacional Sede Palmira, con el Programa de Investigación Mejoramiento Genético, Agronomía y Producción de Semillas de Hortalizas y maíces nativos. Teniendo en cuenta las investigaciones previas (García, 2006; Pardey et al., 2006; Vallejo et al., 2006), la diversidad recolectada y conservada en el banco de germoplasma en dónde esa diversidad se está perdiendo, se requiere ampliar el conocimiento y valoración de los recursos genéticos para enfrentar los problemas que impiden su aprovechamiento de forma sostenible (García, 2006). Se plantea este trabajo de investigación que permita la obtención de líneas endogámicas y poblaciones para el desarrollo futuro de variedades adaptadas. Para el caso de maíz un programa de desarrollo de variedades por lo general necesita un mínimo de |poblaciones contrastantes ampliamente caracterizadas de comportamiento superior per se, y mejores características de adaptabilidad y estabilidad a las condiciones locales.