Spongospora subterranea f.sp. subterranea biótrofo del suelo es un patógeno obligado (Qu and Christ, 2004)que causa la enfermedad Roña de la papa, una de las enfermedades más importantes por el daño que ocasiona a raíces, estolones y tubérculos de la planta de papa. Esta enfermedad es la responsable de la disminución en la calidad de los tubérculos debido a la presencia de lesiones en forma de pústula sobre su epidermis y de la disminución en la producción de papa en cultivos susceptibles. S. subterranea tiene un comportamiento variable en diferentes zonas ecológicas y con expresión de síntomas diferentes en las zonas y variedades (Jaramillo et al., 2004). Este proyecto busca entender la información que se tiene sobre la biología y patología del organismo, analizando la variabilidad genética de este microorganismo en Colombia, comparando muestras de agallas de raíz o de tubérculo de diferentes zonas del País, mediante digestiones con diferentes enzimas de restricción de los aislamientos amplificados y el grado de síntomas de la enfermedad con diferentes aislamientos procedentes de diferentes departamentos productores de papa. Es necesario el desarrollo de este trabajo dado que estudios básicos que permitan tener reportes sobre la biología, ecología, patología y epidemiología son escasos en el país. Los resultados de la presente investigación contribuirán a la caracterización molecular del patógeno identificando ecotipos y permitiendo aclarar posibles diferencias existentes en las zonas ecológicas dedicadas al cultivo de la papa, lo cual es esencial para un mayor conocimiento del patógeno y de esta forma tomar las medidas de manejo mas indicadas.