El cultivo de papa, aunque es nativo de los Andes, ha alcanzado una amplia distribución global. En diferentes sistemas de producción, es afectado por diversos problemas fitosanitarios los cuales limitan su productividad. Una de las enfermedades emergentes del cultivo de papa en Colombia es la rizoctoniasis o costra negra, causada por el grupo de anastomosis GA - 3 de Rhizoctonia solani Kuhn, esta demerita la calidad de los tubérculos o disminuye los rendimientos al interferir con los procesos fisiológicos normales de la planta. A pesar de que esta enfermedad ha incrementado su ocurrencia y severidad en Colombia no existen estudios sobre su biología, ni sobre la enfermedad. Reportes de 1972 sugieren la ocurrencia de variabilidad genética dentro de cepas del patógeno sin embargo, esto no se ha verificado en campo, excepto por un estudio con RAPDs sobre diez aislamientos del departamento de Cundinamarca y seis de Nariño, el cual muestra la ocurrencia de variabilidad genética y un posible aislamiento geográfico de las cepas. Información preliminar no publicada muestra que este patógeno se encuentra distribuido prácticamente por todos los campos productores de papa de nuestro país. Su incidencia varía desde fincas con ataques focalizados hasta áreas completamente invadidas con niveles de pérdida igualmente variables. Su condición de patógeno del suelo, con habilidad saprofitíca y de producción de estructuras de resistencia que le permiten sobrevivir durante largos periodos de tiempo (años) en el suelo en ausencia de hospedante, hace que el problema a futuro sea mas severo, y que la rotación de cultivos no sea una medida viable para las regiones tradicionalmente productoras de papa en Colombia, pues implicaría rotaciones a muy largo plazo modificando de esta manera la cultura e induciendo a los agricultores a buscar cultivos alternativos que no van a generar la misma rentabilidad. Adicionalmente, también se puede predecir un aumento de la frontera agrícola hacia áreas presumiblemente libres del patógeno y el incremento de aplicaciones indiscriminadas de fungicidas al suelo con consecuencias ambientales poco deseables. En el manejo de enfermedades, el uso de variedades resistentes es una alternativa económica para el productor y amigable con el ambiente. Esta estrategia implica necesariamente la evaluación de la variabilidad genética del patógeno, pues el impacto de las enfermedades esta enormemente condicionado por la diversidad genética en las poblaciones de los patógenos y su distribución geográfica. Consecuentemente, esta investigación propone en su fase inicial, determinar los grupos de anastomosis mediante PCR y compatibilidad somática, y determinación de su patogenicidad. Adicionalmente se examinará la estructura genética de las poblaciones de R. solani GA - 3 por PCR-RFLPs. El desarrollo contemporáneo de las técnicas de caracterización por marcadores moleculares y la dificultad de disponer de otros indicadores biológicos para este organismo (por la falta de estructuras asexuales) hacen recomendable la utilización de este procedimiento. Con este trabajo se espera conocer la diversidad patogénica y genética de las poblaciones de R. solani GA - 3. El análisis de datos genotípicos y patogénicos permitirá cuantificar la diversidad genética al interior de poblaciones locales y regionales, y realizar comparaciones entre ellas; representando en mapas la distribución geográfica de los genotipos y patotípos. Con la información generada podremos postular rutas de migración y determinar la importancia del flujo genético y la reproducción sexual en la estructura poblacional del patógeno; esta será la base para proponer medidas de manejo incluyendo programas de mejoramiento genético basados en el grado y distribución geográfica de la variabilidad genética del patógeno. El estudio tendrá una duración de 36 meses. Involucra la colecta de material vegetal en los principales departamentos productores de papa en Colombia. Su costo total es de $579,829,040 de los cuales se están solicitando $278,682.200 de financiación.