El Pirarucú o Paiche (Arapaima spp.) es uno de los peces más grandes de Suramérica, emblemático de la región amazónica, que juega un papel especial en los ecosistemas y presenta una gran importancia económica, nutricional y cultural, lo que hace que sea un recurso relevante que requiere atención y manejo. Sin embargo, en Colombia ha sido poco estudiado y se desconoce la diversidad y estructura genético poblacional que presenta, lo que dificulta no solo su aprovechamiento efectivo, sino su adecuada conservación y protección en condiciones naturales. Adicionalmente, el Pirarucú es considerado de gran potencial acuícola para el país y del que ya existen producciones comerciales, las que se espera después de varios estudios se puedan ampliar a otras zonas de potencial para la producción acuícola en Colombia, incluido el Valle del Cauca, donde hay animales en condiciones de cultivo, sin conocer su procedencia y posibilidad de cruzamiento con otras poblaciones del país. Por lo anterior, el objetivo de este trabajo es caracterizar la diversidad genómica del Pirarucú (Arapaima spp.) en la cuenca del rio Putumayo y el lago Tarapoto en el Amazonas y su relación con animales de Cautiverio en el Valle del Cauca. Para esto se tomarán muestras de aleta de animales pescados para la subsistencia en poblaciones nativas y animales de cautiverio del Valle del Cauca. Se tomarán los datos de localización y se realizará extracción de ADN mediante kit comercial. Posteriormente, se amplificará una región del gen COI mediante PCR y se relizará Secuenciación Sanger. Con estas secuencias de harán los análisis de diversidad iniciales y filogenéticos, con el fin de identificar relaciones entre los individuos. De los tres individuos más alejados según el análisis, se realizará secuenciación del genoma completo y se dispondrá en los repositorios de bases de datos públicas. Finalmente, a todos los animales muestreados se les realizará secuenciación RAD-seq para hacer llamado de variantes tipo SNP, con el fin de hacer análisis de diversidad poblacional, entender el riesgo presente desde la diversidad genética y la endogamia. Además, de la estructuración genético poblacional, con el fin de aportar a las recomendaciones de conservación y cría comercial. En este proyecto se espera entender la diversidad y estructuración poblacional que presentan las poblaciones de Pirarucú de la cuenca del Putumayo y del lago Tarapoto en el amazonas y sus relaciones con los animales que se encuentran en cautiverio (en cultivos) en el Valle del Cauca. Se formará un estudiante de pregrado y uno de Doctorado, además se producirá divulgación del conocimiento en eventos científicos y se generará al menos un articulo de investigación.