El ganado Lucerna constituye un recurso genético de gran importancia para la ganadería del trópico bajo del Valle del Cauca, ya que fue creada artificialmente y seleccionada para la producción en las condiciones climáticas de la zona. En el contexto actual ante el cambio climático y la necesidad de producir de una manera cada vez más sostenible, que requiera de poca intervención ambiental, los ganados criollos adaptados empiezan a ser una alternativa importante de producción de proteína de origen animal. No obstante, la investigación en algunas razas como Lucerna aún es limitada y se desconocen muchos aspectos de la diversidad y de la genética de poblaciones importantes para el avance en los programas de cría y mejoramiento genético. Por lo anterior, el objetivo de este proyecto es determinar la diversidad genómica, las señales de selección reciente, la composición racial, mezcla y frecuencia de desórdenes genéticos en ganado Lucerna. Para esto se tomará la información genealógica de las poblaciones puras Lucerna de la Reserva natural el Hatico y la hacienda Lucerna, a partir de la información se seleccionarán 100 animales para el genotipado mediante chips de mediana densidad (Neogen GGP 50K) que incluyen marcadores mayores y de enfermedades. A partir de la información genealógica se estimará las estadísticas básicas, el coeficiente de consanguinidad medio, el Número efectivo de la población y se determinarán los animales a seleccionar mediante el paquete optisel del programa R. A los animales seleccionados para muestreo se les tomará una muestra de la vena coccígea o en los machos que se les colecta semen, una pajilla. A partir de las muestras se realizará extracción de ADN mediante kit comercial en el laboratorio de Genética de la Universidad Nacional sede Palmira. Posteriormente, se enviarán para genotipado en el laboratorio de genética Molecular de Agrosavia. Una vez obtenidos los reportes, se realizará un análisis inicial mediante diferentes funciones y galerías del software R y Plink, que permite estimar endogamia molecular, frecuencias genéticas, heterocigosidades. Además, estimará el censo efectivo de la población mediante el Software SNeP. También se estimarán los componentes de mezcla usando los datos de otras razas que se encuentran en los repositorios públicos y los datos de Hartón de Valle del grupo de investigación, mediante el software admixture. La estructuración con estadísticos Fst se realizarán en plink y Arlequin. Finalmente se usará el paquete Rehh para la identificación de señales de selección y se realizará la anotación funcional de regiones génicas. Se identificarán SNPs e INDELs en el chip de desórdenes genéticos y genes mayores y se estimará su frecuencia genotípica y alélica. A partir de este trabajo se espera mejorar el entendimiento de la diversidad genómica, las señales de selección reciente, la composición racial, mezcla y frecuencia de desórdenes genéticos en ganado Lucerna con el fin de favorecer su cría y mejoramiento genético, que permitan tener un aprovechamiento productivo de este recurso. El proyecto se realizará por un periodo de 14 meses y requiere la inversión de 18 millones de pesos. Como producto se espera fortalecer las labores del semillero de investigación en Recursos zoogenéticos y mejoramiento animal, la capacitación de estudiantes de pregrado en labores prácticas de campo, de laboratorio y análisis de datos genómicos y genealógicos. Además, de la elaboración de un trabajo de grado de pregrado de uno de los integrantes del semillero y una tesis de maestría. Se someterá al menos un artículo de investigación en una revista indexada, se formulará un proyecto de investigación para presentar a futuras convocatorias y se realizará la presentación de los resultados en al menos dos eventos científicos.