Las prácticas acuícolas, como actividades deliberadas del hombre, se realizaban desde hace más de 2500 años a.c. (Saffirio 1972). Pero se considera un sector reciente, debido a que su auge se ha presentado en los últimos 50 años (FAO, 2010). Su crecimiento ha sido tres veces mayor que la producción mundial de otras carnes; debido a la desaceleración mundial de la pesca de captura, cambios en los hábitos alimenticios, crecimiento demográfico, migración a las ciudades y el desarrollo de nuevas tecnologías (FAO, 2008). El desarrollo de poblaciones de tilapia roja, se inició con la aparición de mutaciones en Oreochromis mossambicus donde los individuos presentaban pigmentación clara en sus cuerpos y ausencia de colores oscuros en el mesenterio, lo cual fue más atractivo para el consumidor (Penman y Mc Andrew, 2000). Productivamente O. mossambicus muestra menor capacidad productiva que O. niloticus, O. aureus y O. hornorum, desencadenando cruzamientos con la intención de ofrecer a la industria individuos que presenten la característica mutante “roja” de O. mossambicus y los parámetros productivos de las otras especies (Penman y Mc Andrew, 2000). Partiendo de información presentada por FAO (2010-2013) se estima que el comercio mundial de la tilapia tuvo un valor de 6.660 millones de dólares para el 2011; aunque es un sector pequeño, durante la última década ha crecido 300% (Usgame et al. 2007); En términos de mercadeo esta industria se puede categorizar como Mar Azul, en donde según esta estrategia, el éxito empresarial radica en buscar mercados vírgenes que tengan un alto potencial de crecimiento (Chan y Mauborgne 2005). Colombia participa con 2.1% del mercado mundial y su crecimiento en la última década es 20%; esto hace notable la baja competitividad nacional y el desaprovechamiento de esta oportunidad puesto que las condiciones geográficas y ambientales en gran parte de territorio son idóneas para la Tilapicultura. Una de las principales causas de este fenómeno es el inadecuado manejo en los programas de reproducción y de manejo de las poblaciones parentales que han producido animales dispares y depresión genética (Torres, et al. 2010). Utilizando marcadores moleculares de microsatélites aleatorios (RAM’s), se identificara la diversidad Biológica dentro y entre poblaciones de Oreochromis spp. Que serán utilizadas en un programa de endocria con la intención de aumentar homocigosis y el posterior desarrollo de híbridos heterocigotos productivamente superiores. Mediante pruebas en campo se identificaran los comportamientos productivos en cada población mediante el análisis de las generaciones producto de los cruces endogámicos de animales seleccionados masalmente. Este proyecto está compuesto por dos trabajos de investigación, doctoral y maestría. El de maestría realizara la Caracterización de seis poblaciones parentales de tilapia roja Oreochromis spp. que serán utilizadas como base en un programa de mejoramiento en la Pisicola 2M ubicada en el municipio de Villarica departamento del Cauca; el trabajo de doctorado trabajara en el Desarrollo de híbridos promisorios de tilapia roja Oreochromis spp. mediante poblaciones parentales endocriadas.