Los microorganismos colonizadores de otros organismos establecen redes de interacción a diferentes niveles, estas redes de interacción permiten que los organismos tengan un equilibrio ecológico que se refleja en su salud. Pequeñas alteraciones que se escapan del control interno de estas comunidades se reflejan en el desarrollo de enfermedades y la perdida de características vitales para cualquier organismo. El interés del grupo es entender como las comunidades bacterianas se asocian con otros microorganismos y con el huésped para establecer dicho equilibrio ecológico. Este conjunto de organismos se conoce como Holobionte, las complejas relaciones entre los componentes del holobionte y de éste con el medio ambiente, se articulan principalmente a través de moléculas. El tipo de moléculas producidas por un holobionte dado varía entre especies, y en función de las condiciones medioambientales y la localización geográfica.