La papa (Solanum tuberosum y S. phureja) es uno de los cultivos más importantes en las regiones andinas de Colombia. En la actualidad, se estima que el rendimiento de este cultivo es cercano a 17 t.ha-1, muy por debajo del obtenido en países desarrollados como Estados Unidos (51.7 t.ha-1), Holanda (50.3 t.ha-1), Canadá (36.4 t.ha-1) y Reino Unido (33.17 t.ha-1). Lo anterior es el resultado de deficiencias en el manejo agronómico, en combinación con el uso de tubérculo-semilla no certificado por su sanidad viral. A pesar de que Colombia cuenta con un exigente programa de certificación de virus monitoreado por el ICA, se estima que solo el 3-5% del material de siembra utilizado es certificado. En este proyecto se propone generar una plataforma de diagnóstico de virus que apoye los programas de manejo integrado de enfermedades virales en Antioquia y permita cerrar la brecha tecnológica de la detección viral en material de siembra y campo, con miras al mejoramiento de la productividad y sostenibilidad ambiental de este cultivo. Para esto se emplearán métodos de secuenciación de nueva generación en asocio con herramientas bioinformáticas para determinar los viromas de este cultivo, la identificación a nivel de especie, así como la estimación de su abundancia relativa, niveles de variación y afinidad filogenética con taxa virales conocidos. Esta información servirá de base para el diseño de pruebas de diagnóstico molecular como RT-PCR y RT-qPCR. Al final, se obtendrá una plataforma computacional de uso libre para el diagnóstico de virus en cultivos y tubérculo-semilla de papa que fortalecerá los programas de mejoramiento genético, vigilancia cuarentenaria y certificación de material de siembra de papa en Antioquia y otros departamentos del país.