El cultivo de la papa (Solanum tuberosum) ocupa un lugar importante en la economía global como fuente de almidón para consumo fresco y para su procesamiento por parte de las industrias de alimentos, concentrados de animales y bebidas alcohólicas. En Colombia, este cultivo se extiende aproximadamente a 160.000 ha, con una producción de 2.784.271 ton; distribuidas entre cerca de 30 variedades, siendo las más cultivadas: Diacol-Capiro, ICA-Puracé, Parda-pastusa y Criolla Colombia. Los principales departamentos productores de papa son: Cundinamarca, Boyacá, Nariño y Antioquia con 544.828, 427.903, 272.335 y 78.292 ton, respectivamente. Debido al aumento significativo de las patologías virales como resultado de la degeneración del tubérculo semilla, el rendimiento de la papa en Colombia es muy inferior (16-18 ton/ha) al alcanzado en países desarrollados como EEUU e Inglaterra con valores promedio de 45 ton/ha; esta diferencia se explica principalmente por la aplicación de sistemas estrictos de certificación de semilla en dichos países. Los principales virus que afectan la papa en el mundo son: PLRV, PVY, PVA y PVX, sumándose a éstos PVS y PYVV en Colombia. El efecto del PLRV en variedades susceptibles de papa puede llegar a ocasionar pérdidas de hasta el 90%, mientras que PVY y PYVV, pueden reducir los rendimientos hasta en 80% y 60%, respectivamente. En adición, los estudios en virología vegetal han demostrado que el efecto sobre la producción en papa es especialmente crítico cuando los virus se presentan en conjunto; así por ejemplo, la infección simultánea de PVA y PVX pueden llegar a destruir completamente el cultivo. Por estas razones el Instituto Colombiano Agropecuario (ICA), dirige un Programa Nacional de Certificación de Semilla de Papa cuyas tolerancias mínimas para virus en cultivos destinados a semilla son los siguientes: para PLRV, PVY, PVX y PVS se permite 0% de presencia de virus en semilla Super Élite y Élite, 1% de presencia de virus en semilla básica, 2% en semilla registrada y 5% en semilla certificada. Sin embargo, la utilización sucesiva de tubérculo semilla por parte de los agricultores, conduce al aumento de los niveles de incidencia y severidad de estos virus y de otros no incluidos hasta ahora en el programa de certificación. Aún se desconoce mucha de la información relevante respecto al genoma de los virus de la papa en Colombia, de su biología y de la sintomatología específica que inducen en diferentes variedades locales. Por esta razón, en este trabajo se propone la utilización de herramientas de Secuenciación de Nueva Generación (NGS) para la obtención de información genómica de los principales virus que afectan el cultivo de papa en Antioquia. Trabajos previos han demostrado la viabilidad de utilizar estas herramientas en la obtención de secuencias de DNA y cDNA e incluso de genomas virales completos. Esta información genómica será utilizada para la evaluación de la calidad del material de siembra y de la sanidad de cultivos en las principales zonas productoras de papa de Antioquia. El desarrollo de esta investigación servirá para generar información actualizada sobre el estado de la sanidad viral de los cultivos de papa en Antioquia y sobre las características genéticas de sus agentes causales, bases para el diseño de las estrategias de manejo de estas enfermedades en los cultivos de papa y para apoyar los procesos de certificación de tubérculo-semilla.