En este proyecto se pretende continuar con la línea de investigación del Grupo de Biotecnología microbiana enfocada en el desarrollo de herramientas moleculares y bioinformáticas para la caracterización de virus que afectan plantas de interés agrícola en el país. Dichos estudios se derivan de la utilización de metodologías de secuenciación masiva de nueva generación (NGS), que arroja una gran cantidad de información que actualmente debe ser analizada a través del uso de diferentes herramientas bioinformáticas, cada una de las cuales se ejecuta de manera aislada, dificultándose así el análisis global de los genomas o transcriptomas. En este trabajo se plantea el diseño, ejecución y validación de una plataforma que permita integrar las diferentes etapas del análisis de NGS, incluyendo los archivos de calidad, el ensamblaje, las búsquedas en bases de datos moleculares, los análisis de abundancia relativa de virus y la anotación de los genomas, especialmente aquella relacionada con los análisis de procesamiento postraduccional de poliproteínas virales. Ya que el grupo ha acumulado una base de información importante de diferentes transcriptomas de solanáceas infectadas con virus, incluyendo del tomate de mesa (Solanum lycopersicum), pimentón (Capsicum annum), papa (Solanum tuberosum y S. phureja) y uchuva (Physalis peruviana), la generación de la plataforma planteada contará con datos reales de especies de importancia económica para el país, lo que a su vez permitirá generar una línea base de información sobre el estado fitosanitario viral de dichos cultivos. Se espera que los resultados obtenidos en este trabajo puedan ser utilizados para apoyar los programas de certificación de semilla, estudios epidemiológicos y mejoramiento genético que se adelantan en el país con este grupo de solanáceas andinas.