El cultivo de papa es uno de los renglones agrícolas de mayor importancia en Colombia, con cerca de 160000 ha cultivadas y una producción anual de 2.721.396 ton. Desde el punto vista fitosanitario, la papa se ve afectada por diversos problemas, destacándose en los últimos años las enfermedades de origen viral. A nivel mundial, hasta el momento se han registrado en este cultivo al menos 38 virus y viroides (Salazar, 1995; Salazar, 2006, Kerlan, 2008), destacándose como los más limitantes: PVY (Potato virus Y, Potyvirus), PVS (Potato virus S, Carlavirus), PVX (Potato virus X, Potexvirus), PMTV (Potato mop top virus, Pomovirus), PLRV (Potato leafroll virus, Polerovirus) y PYVV (Potato yellow vein virus, Crinivirus). El efecto deletéreo de los virus no sólo ocurre a nivel de la reducción del rendimiento de los cultivos, sino también por la pérdida de vigor de la semilla asexual (tubérculo-semilla) y su consiguiente proceso de degeneración sanitaria, que resulta en ciclos viciosos en los que los agricultores cada vez obtienen menos rentabilidad en sus parcelas, lo que los obliga a seleccionar la semilla del siguiente ciclo de cultivo en sus propios lotes y de esta forma se genera un proceso de escalando de los niveles de incidencia y severidad de las enfermedades virales. Por esto, la disponibilidad de semilla certificada de papa, resulta ser un una aspecto clave de política agropecuaria para los países productores de este tubérculo (Halterman et al., 2012). En Colombia, el Instituto Colombiano Agropecuario (ICA), dirige un Programa Nacional de Certificación de Semilla de Papa cuyas tolerancias mínimas para virus en cultivos destinados a semilla son los siguientes: para PLRV, PVY, PVX y PVS no se permite presencia de virus en semilla Super Élite y Élite, 1% de presencia de virus en semilla básica, 2% en semilla registrada y 5% en semilla certificada. Para el caso de PYVV no se permite presencia de virus en semilla Super Élite, Élite y Básica, 1% en semilla registrada y 1% en semilla certificada. Dichas evaluaciones se realizan con base en observaciones visuales de síntomas y en el mejor de los casos utilizando pruebas de ELISA con anticuerpos genéricos para grupos de virus (ej. Potyvirus, Carlavirus), lo que resulta en subestimaciones del título viral presente en el material a certificar. Adicionalmente, el esquema de certificación establecido en el país, sólo contempla los virus antes indicados, de manera que las demás especies virales que afectan el cultivo no son evaluadas. En los últimos años, ha surgido una nueva técnica de detección de virus, denominada RT-PCR en tiempo real (qRT-PCR), que ofrece altos niveles de sensibilidad (en el orden de pg), rapidez (4 a 6 horas) y especificidad. La aplicación de dicha metodología requiere de la disponibilidad de primers y sondas específicas para las variantes virales presentes en cada región de cultivo. Nuestro grupo de investigación durante los últimos años, ha caracterizado molecularmente varios de los virus que afectan el cultivo de papa en el país (Gil et al., 2010; 2011, 2012; Osorio et al., 2012; García et al., 2013; Gutiérrez et al., 2013a,b), generándose un alto volumen de secuencias de los genomas de dichos virus. En esta investigación se plantea utilizar estas secuencias como base para el diseño de primer y sondas que sirvan para la detección mediante qRT-PCR de virus directamente en tejidos de tubérculos-semilla de papa comercializados en el departamento de Antioquia. Dicha información servirá de base para ofrecer recomendaciones sobre la efectividad del programa de certificación de semilla de papa en el país y brindar herramientas de detección molecular validadas con las variantes virales presentes en este departamento.