El ají (Capsicum spp) incluye tanto plantas herbáceas anuales o bianuales como plantas perennes y arbustivas, pertenece a la familia Solanaceae y se cree es originaria de Centro américa. El cultivo del ají es uno de los más promisorios como producto de exportación en Colombia y ha venido ganando participación en los mercados gracias a sus propiedades condimentarías, medicinales y fácil trasformación agroindustrial. Según la FAO, la producción mundial de ají ha ido en aumento en los últimos años pasando de producirse 24’237.512 toneladas en el 2003 a producirse 31’116.994 ton en el 2013. Aunque el ají ha venido ganando fuerza en la Apuesta Exportadora Agropecuaria, por su tendencia histórica de exportación en el país y por la creciente demanda internacional del mismo, las estadísticas de la FAO (FAOSTAT) muestran que la producción de ají en Colombia bajo drásticamente a partir del año 2008. Una de las causantes de esta baja producción son las enfermedades causadas por hongos, bacterias y virus. Dentro de los virus, aquellos de los géneros Begomovirus (virus DNA, familia Geminiviridae) y Potyvirus (virus RNA, familia Potyviridae) son los más importantes a nivel de importancia en los cultivos de ají. En una investigación previa realizada por nuestro grupo de investigación IPMA, se detectó la presencia de potyvirus y begomovirus en una colecta de ají en Valle del Cauca, siendo reportada por primera vez la presencia de begomovirus en estos cultivos en Colombia. Dada la importancia económica de éstos virus en ají, este trabajo de investigación tiene como objetivo general caracterizar a nivel molecular los virus potyvirus y begomovirus que actualmente infectan los cultivos de Capsicum sp en el Valle del Cauca empleando secuenciación de nueva generación (NGS). Para cumplir este objetivo, se realizará una colecta de ají con síntomas virales, se purificarán sus ácidos nucleicos (RNA y DNA) y mediante PCR se detectará la presencia de potyvirus y begomovirus. Las muestras positivas de begomovirus, se utilizarán para realizar una amplificación viral empleando la técnica de RCA (amplificación por circulo rodante). Las muestras de DNA viral serán enviadas a un proveedor internacional para llevar a cabo una secuenciación de nueva generación (NGS). Las muestras de RNA total positivas para potyvirus también serán enviadas a un proveedor internacional para llevar a cabo una secuenciación de nueva generación (NGS). Los datos de secuencias de nucleótidos virales obtenidos serán ensamblados por el proveedor internacional. Las secuencias de nucleótidos se analizarán en el software CLC Main Workbeanch para determinar su organización genómica y para conocer su identidad se utilizará el algoritmo Blastn. Se realizara una alineamiento múltiple en el programa MEGA para calcular el % de identidad en el programa SDT 1.2. y construir un árbol filogenético para conocer su relación con otros virus presentes en otros cultivos y regiones. Conocer la identidad plena de los virus potyvirus y begomovirus, constituye el primer paso para plantear un plan de manejo agronómico que permita llevar el cultivo de ají a una etapa productiva óptima. Conocer el virus nos permitirá llegarle al agricultor con la certeza de que virus son amenaza para su cultivo, y de esta manera plantear diferentes estrategias, desde métodos culturales como el manejo de vectores mediante el uso de trampas, métodos biológicos usando parasitoides que disminuyan la población de vectores biológicos, métodos químicos con los que se puedan erradicar las malezas que pueden ser fuente de inóculo del virus o los vectores en sí, usando plaguicidas. También esta información abriría la puerta a investigadores para generar variedades mejoradas con resistencia o tolerancia a los virus presentes en la región. Se podrán establecer medidas de mejoramiento ya sea convencional o empleando medidas biotecnológicas las cuales están en auge pues se han visto resultados muy favorables en diferentes sistemas agrícolas.