En el Valle del Cauca, la papaya (Carica papaya) es considerado un frutal de gran importancia por su potencial como producto de exportación puesto que la demanda mundial de esta fruta tropical ha venido aumentando. Sin embargo, en los últimos años este cultivo se estaba viendo afectado por el accionar de virus, que pueden reducir de 6 a 3 meses su ciclo productivo como es el caso del virus de la mancha anular de la papaya (Papaya ring spot virus, PRSV), sin mencionar los efectos devastadores que tienen otras sintomatologías encontradas caracterizadas por presencia de clorosis, islas verdes, tumefacciones y deformación de la lámina foliar. Esta situación pone en peligro a toda la cadena productiva, amenazando un sector importante para el empleo rural en el departamento. El último estudio de virus en papaya se realizó en 2015, pero al igual que los anteriores solo se estudia el PRSV, el cual es el único virus reportado en Colombia afectando al cultivo de papaya. Sumado a lo anterior, no existe un diagnóstico fitosanitario completo y actualizado que involucren otras familias de virus tanto de virus DNA como virus RNA y la distribución geográfica de los virus en el Valle del Cauca que permita identificar las zonas con mayor incidencia y concentración de estos organismos. Por lo anterior, el objetivo de este proyecto es detectar y caracterizar los virus que afectan los cultivos de papaya en el departamento de Valle del Cauca. Con este propósito, se colectarán hojas de papaya con sintomatología viral en tres zonas geográficas del departamento del Valle del Cauca (Norte: Bolívar, La Unión; centro: Andalucía y Buga; Sur: Palmira); se les realizará una extracción de DNA genómico total y mediante la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) se detectará la presencia de begomovirus. Para la detección del componente genómico A geminiviral se utilizará un juego de primers degenerados que amplifican un fragmento de 0.4kb del gen AR1 (CP). Para llevar a cabo la caracterización molecular de begomovirus se amplificará por PCR un fragmento de 1.4kb se enviará a secuenciar y someterá a análisis bioinformaticos. Para los virus RNA se realizará extracción del RNA total de las muestras, seguido de las técnicas de RT-PCR para generar un DNA complementario y de PCR empleando cebadores específicos para detectar: potyvirus con primers degenerados que amplifican un fragmento de 350pb y con primer específicos para PRSV previamente diseñados; cucumovirus, con un par de primers específicos que amplifican una región de 229 pb; y el virus de la Meleira de papaya reportado en Brasil y México, tomando como base el par de iniciadores PMeV-RP-F1/R1 que amplifican un segmento del genoma viral del Umbravirus PMeV-2 de 371pb. Estos resultados permitirán conocer los virus que actualmente afectan este cultivo en el Valle del Cauca, lo cual será una herramienta clava para que técnicos y agricultores puedan tomar mejores decisiones frente a esta problemática viral en cultivos de papaya.