El Control Fiscal Colombiano presenta una crisis de credibilidad por parte de la comunidad, que ha llevado a diferentes entidades y personalidades a tratar de establecer las causas de dicha crisis. Dentro de los planteamientos realizados, se aduce la falta de efectividad de los procesos de control llevados a cabo por las Contralorías del país, debido entre otras causas al escaso uso de las Tecnologías de Información y Comunicaciones en sus procesos misionales. Sin embargo a la fecha, no se ha desarrollado ningún estudio académico que permita establecer el nivel de automatización de los procesos misionales de los órganos de control, representados en la Auditoría de Sistemas y las Técnicas de Auditoría Asistidas por Computador. La presente investigación pretende evaluar el nivel de madurez de la función de Auditoría de Sistemas en las Contralorías del eje cafetero y el nivel de uso de las Técnicas de Auditoría Asistidas por Computador en sus procesos misionales.