La estructura genética de una población, determinada a partir de diferentes técnicas de biología molecular, permite medir parámetros relacionados con la variabilidad genética, lo que a su vez constituye una herramienta de vital importancia para entender los procesos biogeográficos y evolutivos, de especiación, de fragmentación y del estado actual de las poblaciones. Los estudios de caracterización genética tienen un interés especial para las especies silvestres que se encuentran amenazadas o en grave peligro de extinción debido a factores como la destrucción del hábitat o la caza indiscriminada de que son objeto con el fin de cubrir la demanda del comercio, la industria y la medicina. Según la Convención sobre el Comercio Internacional de especies amenazadas de Fauna y Flora Silvestres (CITES), dentro de las especies colombianas que se encuentran en Apéndice I (críticamente amenazada), se encuentra Crocodylus acutus, conocido comúnmente como el caimán de aguja o el caimán americano, especie sobre la cual se hace necesario adelantar proyectos tendientes a generar propuestas que conduzcan a la conservación y el uso sostenible (CITES, 1998). De acuerdo con el censo y monitoreo de las especies del orden Crocodylia realizado entre 1994 y 1997 en Colombia, las poblaciones de las dos especies del género Crocodylus existentes en nuestro país (C. acutus y C. intermedius) se encuentran muy reducidas y severamente fragmentadas, lo que las ubica prácticamente extintas (Barahona et al, 1997). En la actualidad, el Estado ha implementado un programa para la recuperación del caimán llanero (C. intermedius) que incluye estrategias para la reproducción ex situ con la posterior reintroducción al medio natural (Ramírez, 1998). También contempla alternativas para incrementar y mantener la variabilidad genética deseable para las poblaciones naturales. Sin embargo, aún no se han planteado posibles soluciones para el caimán de aguja (C. acutus), debido a que la legislación colombiana no incluye esta especie entre las de alto riesgo (Burbano, 1999). Con base en lo anterior, se hace necesario adelantar investigaciones sobre la especie en mención con el fin de plantear soluciones para recuperar el caimán de aguja en nuestro país. Actualmente, existen 17 poblaciones ex situ, con las que es posible elaborar estrategias para reproducción y repoblamiento in situ, para lo cual, es indispensable conocer la adaptabilidad, que determina la capacidad de permanencia de las poblaciones a lo largo de las generaciones a pesar de los cambios ocurridos en el hábitat y puede ser evaluada a partir de la variabilidad genética que se establece mediante el desarrollo de técnicas moleculares como son los Polimorfismos de Fragmentos Amplificados (AFLP, por sus siglas en inglés) y marcadores microsatelitales. Los programas de reintroducción de individuos en el medio ambiente natural son exitosos si se presenta un grado alto de variabilidad genética tanto de los individuos como de las poblaciones silvestres, lo que se puede favorecer con el direccionamiento adecuado de las estrategias de cruces ex situ. Para esto, es indispensable caracterizar genéticamente las poblaciones y determinar mediante marcadores moleculares los niveles de polimorfismos que sirvan para identificar a los individuos pertenecientes a cada una de las poblaciones, que a su vez funcionan como unidades de conservación manejables para incrementar o recuperar la variabilidad genética. La determinación de la variabilidad de las poblaciones de C. intermedius en cautiverio ofrece grandes avances desde el punto de vista biológico, político y socioeconómico, puesto que el conocimiento del grado de polimorfismo permitirá desarrollar alternativas de cruces para incrementar la variabilidad genética que una vez establecida en las poblaciones silvestres podrá cambiar el estatus de la especie dentro de los apéndices del CITES. Ello favorecerá la implementación de otras metodologías diferentes a la crianza en cautiverio para hacer uso sostenible de esta especie como puede ser el ¿rancheo¿ que beneficia no solo a las poblaciones sino a todo el hábitat, debido a que se autoriza la caza de animales silvestres para el comercio en su ambiente natural teniendo en cuenta los criterios previamente establecidos que garantizan la permanencia de las poblaciones en su hábitat, las cuales incluyen la definición de áreas de conservación (CITES, 1998). La iniciación de estudios genéticos para la conservación y el uso sostenible en Colombia no solo es de vital importancia para las poblaciones amenazadas, sino que constituye un deber para dar cumplimiento a los tratados internacionales ambientales en los que está involucrado nuestro país, específicamente lo que se contempla en el Convenio sobre Diversidad Biológica (ley 165 de 1994) que tiene por objeto conservar la diversidad biológica, promover la utilización sostenible de sus componentes, y la participación justa y equitativa en los beneficios que se deriven de la utilización de los recursos genéticos, mediante el uso adecuado, una transferencia apropiada de la tecnología y una acertada financiación (Pardo, 1997, In Chaves y Arango, 1998). Además del Convenio, se encuentra el Tratado sobre el Comercio Internacional de Especies de Fauna y Flora Salvajes en Peligro de Extinción ¿ CITES, que con la ley 17 de 1981 busca proteger a las especies animales y vegetales en vías de extinción, al controlar el comercio internacional de la fauna y la flora amenazada, muerta o viva y todas sus partes y derivados reconocibles, a través de la expedición de permisos de exportación e importación (Pardo, Op. cit). Este trabajo está contemplado dentro del proyecto ¿Caracterización genética de las poblaciones de las especies del género Crocodylus de Colombia¿ que hace parte de la línea de investigación ¿Conservación Genética¿ del Departamento de Biología de la Universidad Nacional y del Programa de investigación ¿Diversidad Genética y Uso y Manejo Sostenible de Fauna Silvestre¿ del Departamento de Biología y la Estación de Biología Tropical Roberto Franco de la Universidad Nacional. Cuenta con el aporte financiero de la Embajada de los Países Bajos, con el respaldo administrativo del Ministerio del Medio Ambiente y el apoyo logístico de la Universidad Nacional de Colombia.