El cultivo intensivo de arroz en los últimos treinta años en Colombia, especialmente en la zona Centro y de los Llanos Orientales, ha conducido a un deterioro constante de las propiedades físicas y químicas de los suelos. Tal deterioro es evidente por los niveles de producción actuales en lotes de 10 y 20 años de uso donde escasamente se alcanzan los 1900 Kg./ha., mientras que lotes nuevos usando practicas agrícolas similares, logran producciones de alrededor a 5800 Kg./ha. (Fedearroz, 2000). Estas diferencias se producen por el desgaste del suelo, asociado a algunas prácticas agrícolas ejecutadas dentro de los sistemas de producción tradicional de arroz en Colombia. Dentro de estas practicas, vale la pena mencionar los efectos generados por el uso de la labranza intensiva, la cual ha llevado a problemas de sellamiento, compactación, adensamiento y erosión del suelo. Esta situación a llevado a extremos tales que el suelo en algunas fincas arroceras ha desaparecido por completo (Fedearroz, 2000). Otro indicador del deterioro histórico de los suelos en las zonas productoras del país, se hace evidente en el contenido de materia orgánica, el cual hace 20 años oscilaba entre el 3 y el 4%, mientras que hoy escasamente alcanza valores cercanos al 1% en la mayoría de los suelos productores del país (Fedearroz, 2000). Esta situación ha generado dentro de la cadena productiva del arroz la necesidad de conocer el estado de la calidad biológica de los suelos, con el objeto de manejar el recurso suelo como una alternativa de sobrepasar el techo tecnológico alcanzado con el desarrollo de las variedades nuevas de arroz por parte del Centro de Agricultura Tropical (CIAT). Consientes de esta situación en el presente trabajo nos planteamos como objetivo principal, el diseño y puesta en marcha de una estrategia de caracterización biológica, bioquímica, molecular y físico-química de la calidad de suelos de treinta fincas localizadas en los departamentos de Tolima y Meta. Esta caracterización busca el diseño de un sistema de fertilización integrado en el cultivo de arroz que permitan reducir costos ambientales y económicos mediante la utilización de enmiendas microbianas que mejoren la actividad metabólica de los suelos. Las fincas seleccionadas corresponderán a 10 fincas del departamento del Tolima y 20 fincas del departamento del Meta, (10 que cuenten con un sistema de producción por riego y 10 que empleen el sistema secano). Esto nos permitirá realizar una comparación del estado de la calidad de los suelos en cada tipo y zona de cultivo. Los resultados obtenidos arrojaran la información suficiente para diseñar programas de fertilización que incluyan las enmiendas microbianas, para cada una de las fincas analizadas. Al final de este trabajo cuatro de las fincas incluidas en el muestreo serán seleccionadas para la etapa final del proyecto que consiste en la evaluación de los programas de fertilización en términos de la productividad y rendimiento de los cultivos.