La enseñanza de los conocimientos concernientes al área de la bioinformática y la genómica se ha enfrentado a varios dilemas, dentro de ellos, los que más han frenado el óptimo proceso de la enseñanza han sido el fuerte componente interdisciplinario, debido a que en esta área convergen los ejercicios propios de la ingeniería, la matemática, la medicina y las ciencias biológicas, por lo que estructurar un núcleo común de conocimientos teniendo en cuenta los conocimientos previos de los estudiantes no es una tarea fácil. Por otra parte, los datos y las herramientas que se requieren para la perfecta modelación de actividades prácticas que aseguren una correcta simulación del mundo profesional no es el óptimo debido a que en la gran mayoría de los casos solo se puede hacer uso de información previamente tratada lo que no refleja el material con el que se enfrenta un estudiante en el campo propio de su profesión. Por otra parte limitaciones de tipo técnico, especificamente computacional, llevan a una clase centralizada en el docente que no le permite a los estudiantes desarrollar sus habilidades de argumentación y técnicas para el análisis de información biológico que es propio de su profesión. Aquí, nosotros presentamos un modelo de innovación pedagógica basada en la implementación de un proyecto-problema que permita centrar el proceso de aprendizaje en el estudiante y le sirva a su vez de una correcta simulación del campo profesional e interdisciplinario de la actualidad esperando obtener el máximo de retención de conocimientos posible asegurando no solo la adquisición de habilidades por parte del estudiante sino además promover la metodología pedagógica aquí planteada como un modelo pedagógico para otras áreas de enseñanza en las ramas de la bioinformática y la genómica.