Las investigaciones en genética de poblaciones de peces dulceacuícolas colombianos son desconocidas para especies de mediana importancia comerciala pesar de que muchas ellas se han clasificado en alguna categoría de riesgo. Debido a la carencia de herramientas que permitan desarrollar estudios genético poblacionales en la especie vulnerable Leporinus muyscorum, este trabajo pretende desarrollar marcadores moleculares especie-específicos, utilizando técnicas de secuenciación de próxima generación para realizar un análisis de estructura poblacional en el rio Cauca. Así se generará información útil con el fin de apoyar la selección de medidas de manejo y conservación que contrarresten el impacto negativo de las actividades antropogénicas en la región.