El bioetanol ha sido una apuesta del país como alternativa energética a la actual demanda nacional de combustible. El uso del material lignocelulósico residual de diferentes procesos agroindustriales como materia prima en la bioconversión a etanol por microorganismos es uno de los enfoques para la actual producción. Los residuos como el bagazo de caña son ricos en carbohidratos fermentables (pentosas y hexosas), que por su estructura y composición requiere un tratamiento previo que genere la hidrólisis de los compuestos complejos (heteropolímeros). Se requiere luego la implementación de microorganismos que presenten una alta adaptabilidad a las condiciones de proceso para lograr eficiencia energética en la producción del bioetanol. Las bacterias han sido protagonistas en la bioconversión de azúcares a etanol, sin embargo estas presentan limitaciones a superar frente al espectro de conversión de azúcares, la tolerancia al etanol, los rendimientos de conversión y la resistencia a los inhibidores. Por esto, en este proyecto se pretende realizar la búsqueda de bacterias autóctonas que permitan encontrar y proponer nuevas alternativas para sobrepasar las restricciones mencionadas conducentes a la modificación genética y el mejoramiento metabólico de estos microorganismos como línea de investigación que presenta grandes perspectivas para el futuro de los biocombustibles en Colombia.