El maíz (Zea mays L), es uno de los cultivos de mayor importancia y antigüedad en Centro América, su origen se remonta a aproximadamente unos 7000 años (Salaverry, 2012). En la actualidad, es el cereal con el mayor volumen de producción en el mundo, según el Departamento de Agricultura de Estados Unidos, el cual estima que la producción mundial de maíz 2014/2015 será de 987.52 millones de toneladas. Los países principales productores en toneladas métricas son los Estados Unidos (365,659,000), China (217,000,000) y Brasil (75,000,000) (USDA, 2014), superando incluso al trigo y al arroz (CATIE, 2014), de allí que constituye uno de los recursos fitogenéticos más utilizados en la alimentación y la agricultura. El Grupo de Investigación en Recursos Fitogenéticos Neotropicales (GIRFIN) y el Instituto Colombiano Agropecuario (ICA) realizaron el estudio morfológico y molecular de una colección de maíces criollos obtenidos entre 2007 y 2013. Con la caracterización morfológica y molecular se encontró pérdida de material genético y cambios fenotípicos, en las razas colectadas en la década de los 50. Por lo tanto este estudio propone comparar mediante citogenética molecular las razas colombianas de maíz e identificar si existen diferencias interraciales significativas para los tres grupos reportados por Roberts et. al., (1957)