Los programas actuales de control de enfermedades transmitidas por insectos vectores (ETVs) son limitados y el aumento de la morbilidad que se observan a nivel mundial es cada vez mayor, siendo influenciado principalmente por la acentuación de la temperatura global y los procesos migratorios. Así, algunas estrategias asociadas a ETVs que tienen como blanco al vector son particularmente atractivas ya que permite interrumpir directamente la transmisión de la enfermedad evitando el uso de tratamientos tradicionales, costosos y/o poco efectivos como los insecticidas, pesticidas o vacunas. Por ello, el control biológico se ha convertido en un método alternativo para reducir o mitigar insectos vectores de patógenos a humanos y animales, a través del uso de enemigos naturales que representan además un menor impacto ambiental La importancia en la búsqueda de estrategias para el control biológico de insectos vectores de enfermedades puede explorarse en profundidad para aportar soluciones alternas a partir de la compleja interacción que existe entre el insecto vector y el parásito presente en el tracto intestinal y considerado como un órgano inmuno-reactivo el cual representa ser una diana importante para avanzar en la comprensión de las dinámicas de transmisión de la enfermedad que además se encuentra influida por las relaciones simbióticas de bacterias que influyen en diferentes procesos fisiológicos dentro del insecto vector. Sin embargo, en esta interacción la influencia que tiene la microbiota intestinal del insecto vector sobre la biología del parasito no es contemplada. De este modo se ha planteado específicamente si estas comunidades de bacterias pueden cumplir funciones asociadas al desarrollo y transmisión de parásitos de las diferentes especies de insectos vectores que transmiten enfermedades. Es así como el estudio de los efectos directos que generan las bacterias del tracto digestivo sobre los parásitos en modelos in-vitro, representa una alternativa novedosa como estrategia de control de la transmisión de enfermedades de insectos vectores, que brinda además la oportunidad de detectar productos metabólicos naturales, moléculas señalizadoras y/o péptidos antimicrobianos con diferentes actividades biológicas. Técnicas de secuenciación de última generación (NGS) pueden ser usadas para complementar la información preliminar sobre diversidad microbiana y su posible influencia en el desarrollo del insecto vector y el patógeno transmitido.