Insectos plaga como Spodoptera frugiperda (Lepidoptera, Noctuidae), reconocida por ser una plaga polífaga a nivel mundial de los cultivos de maíz (Zea mays), arroz (Oryza sativa), pastos, sorgo (Sorghum spp.), algodón (Gossypium hirsutum), alfalfa (Medicago sativa), caña de azúcar (Saccharum officinarum), (García et al. 2002) y por otro lado los trips (Thysanoptera, Tripidae) ), se caracterizan por producir grandes pérdidas económicas del cultivo de aguacate (Persea americana) representan organismos que requieren nuevas alternativas para su manejo en campo, ya que, por ejemplo S. frugiperda produce pérdidas de hasta el 35% del cultivo de maíz (Torres y Cotes 2005, Vélez-Arango et al. 2008) mientras que los trips son considerados plagas cuarentenarias en Estados Unidos (Dreistadt et al. 2007). Ambos insectos son difíciles de controlar en campo, en el caso de S. frugiperda esto en parte se explica dado que esta polilla ha divergido en dos biotipos que son idénticos morfológicamente a nivel de larva, y se han diferenciado molecularmente con el uso de varios marcadores mitocondriales y nucleares (Vélez-Arango et al. 2008, Cano-Calle et al. 2005). Estos biotipos se denominaron biotipos de maíz y arroz, dado que el biotipo de maíz se encuentra asociado a los cultivos del maíz, algodón, sorgo y caña de azúcar y el biotipo de arroz al arroz y pasto en los departamentos de Córdoba, Meta, Valle del Cauca y Tolima (Cano –Calle et al. 2015). Por otro lado, los trips (Thysanoptera, Tripidae) son reconocidos como plagas cuarentenarias debido a que causan deformidad en los frutos, haciéndolos inviables para su exportación (Dreistadt et al. 2004; Rugman-Jones et al. 2006) además los trips son vectores de enfermedades de tipo viral como los tospovirs (Burner y Frey 2010). En este trabajo se propone como primer objetivo realizar un estudio de la diversidad microbiana encontrada en el intestino larval de los biotipos de S. frugiperda a partir de larvas de cuarto instar obtenidas de pastos y de maíz del departamento de Antioquia y Tolima. Adicionalmente, en este proyecto también se propone identificar la microbiota existente en poblaciones de trips colectadas en cultivos naturales de aguacate del departamento de Antioquia, puesto que se pretende producir aguacates de la variedad Hass en gran escala por lo que debe encontrarse libres de plagas. La microbiota encontrada en ambas plagas será identificada con el uso de métodos de microbiología molecular con técnicas de microbiología convencional y secuenciación de nueva generación. El desarrollo de este estudio involucra un trabajo interdisciplinario de alto nivel de profesionales de áreas como la biología, biología molecular y microbiología, que consolidará la cooperación de Grupos de Investigación reconocidos por Colciencias de la Universidad Nacional de Colombia Sede Medellín, así como a la formación integral de profesionales una tesis de maestría y una tesis de doctorado en Biotecnología.