En el presente trabajo se desea realizar un estudio detallado del proceso de extracción de metabolitos secundarios presentes en los aceites esenciales, realizando una revisión bibliográfica de estos metabolitos, principalmente presentes en los aceites de Cidrón y Eucalipto que se cultivan en el departamento de Caldas, así como su aplicación en la industria. Se comparará los métodos existentes para realizar este tipo de procesos, con la técnica de destilación molecular, trayendo consigo un criterio de decisión de cuando se debe utilizar esta técnica, para lo cual se diseñara el proceso para la extracción de metabolitos secundarios y se confrontará con experimentos y simulaciones en software comercial como lo es ASPEN y de esta forma se dará una visión mas completa del proceso de extracción por medio de destilación molecular.