La lepra es una enfermedad infecciosa crónica, que aunque curable, sigue siendo un problema de salud pública en muchas partes del mundo. Esta enfermedad se produce como resultado de la infección con el bacilo Mycobacterium leprae, un patógeno intracelular obligado que manifiesta exquisito tropismo por las células de Schwann en los nervios periféricos y tiene afinidad por los queratinocitos, macrófagos e histiocitos de la piel. La presencia de bacilos causa la disfunción axonal y desmielinización del nervio periférico, dando lugar a pérdida sensorial, deformidad y discapacidad con manifestaciones dermatológicas a nivel de piel. A pesar de la aplicación de la poliquimioterapia, la incidencia mundial de la lepra sigue siendo alta y no ha disminuido de forma significativa en la última década; en el 2013 se reportaron cerca de 220.000 casos nuevos alrededor del mundo, siendo en India y Brasil donde se presentaron la mayor parte de estos casos. En Colombia, a partir de 1985 se introdujo el uso de la poliquimioterapia, lo que permitió la disminución de casos incidentes; sin embargo, en los últimos 10 años se reportaron 4.463 casos nuevos con un promedio entre 389 y 426 casos por año, ubicando a Colombia entre los 44 países del mundo que reportan un número mayor a 100 casos nuevos al año, a pesar que su incidencia nacional esté por debajo de 10 casos por cada 100.000 habitantes. Las estrategias utilizadas para el control de la lepra en Colombia y en el mundo son la detección o diagnóstico de casos nuevos (búsqueda pasiva) y el uso de una poliquimioterapia combinada ininterrumpida. Las estrategias de control también se basan en fortalecer la capacitación del personal sanitario para atender la enfermedad. Los programas nacionales de lepra entre los años 2011 a 2015 se centraron en el mejoramiento de la vigilancia de los pacientes (retención de los casos), el rastreo de los contactos o convivientes y el seguimiento epidemiológico de los pacientes después de la finalización del tratamiento. La lepra es única en cuanto a la naturaleza del organismo causante, la cronicidad de la enfermedad, lo prolongado de su tratamiento y la definición de curación y recaída. El principal método de evaluación de la eficacia del tratamiento es la cuantificación de la tasa de recaídas, cuyos factores predisponentes son la alta carga bacilar al diagnóstico, la presencia de múltiples lesiones y la demora en el inicio de la poliquimioterapia. La recaída es el resultado del crecimiento de bacilos supervivientes al tratamiento, lo que significa la persistencia de M. leprae viable en los nervios, ganglios linfáticos o la piel. M. leprae posee un componente único denominado el glicolipido fenólico 1 (PGL-I), fundamental para la supervivencia del patógeno dentro del hospedero. El Centro Dermatológico Federico Lleras Acosta (CDFLLA), en Colombia, donde se han desarrollado procesos de investigación, acerca de la frecuencia de recaídas clínicas en pacientes con lepra multibacilar, los que mostraron que 6,7% de los casos tuvieron una recaída entre 1 y 7 años después de la terminación del tratamiento y el 97% de éstos, se dieron antes de los 5 años de seguimiento. Estudios realizados han demostrado que los pacientes que al inicio de la enfermedad fueron clasificados como multibacilares, han demostrado tener un mayor riesgo de recaída post-tratamiento. Un estudio prospectivo realizado en el CDFLLA, en pacientes multibacilares con sospecha de recaída; mostraron que sus manifestaciones iniciales eran la aparición de nuevas lesiones en piel, o nuevas neuropatías periféricas, acompañadas o no de aumento del índice bacilar y bacilos viables, durante la vigilancia post tratamiento. Por todo lo mencionado anteriormente, el presente proyecto busca determinar las características genómicas y transcriptómicas en cepas de M. leprae colombianas asociadas y no asociadas, a múltiples episodios sintomáticos de la enfermedad post-poliquimioterapia.