Por su sabor y características nutricionales, el aguacate (Persea americana Mills) es una fruta muy apetecida, razones que explican porque este producto se encuentra en el quinto lugar en volumen de producción y área cultivada en el mundo (Gómez, 2014). Actualmente se cultiva en 59 países, de los cuales México es el principal productor y Colombia ocupa el quinto lugar (FAOSTAT, 2012). En Colombia, el aguacate se produce en 15 departamentos pero 8 de ellos concentran el 90% de la producción (Bareño, 2014). El departamento de Antioquia hace parte de este grupo, perfilándose como un nicho para el mercado de exportación, ya que cuenta con diversidad en suelos y climas, que sumada a la experiencia demostrada que se ha adquirido en el cultivo de esta fruta, le proporciona ventajas competitivas y comparativas frente a otras regiones productivas del país. A pesar de las grandes ventajas que presenta el cultivo del aguacate en Antioquia y del aparente crecimiento en área, producción y exportación; se presentan problemas como la falta de certificación en cuanto a su identidad genética, sanidad, compatibilidad copa patrón, que garantice su calidad, comportamiento y desempeño en campo, lo cual según asistentes técnicos causa pérdidas hasta del 50% de plantas establecidas en campo e incrementa los costos de establecimiento hasta en un 30% (comunicación personal Gilma Orrego). La mejor alternativa para el éxito de un cultivo comercial es la injertación de variedades comerciales de aceptación en el mercado, que sean seleccionadas del mismo huerto, zona o región, sobre patrones locales o criollos, ya que de esta manera se garantiza una alta adaptabilidad al pertenecer a un mismo ecosistema. La importancia de estos ecotipos donadores de semilla para portainjertos denominados simplemente como “ cultivares criollos” se basa no solamente en su desempeño (desarrollo y productividad) en estos ecosistemas, sino también en que constituyen una fuente importante de variabilidad genética, cuya composición se hace necesario conocer; como lo manifiesta la Comisión de Recursos Genéticos para la Alimentación y Agricultura de la FAO Un estudio sobre la diversidad genética del aguacate (Persea americana) de Antioquia ya se ha realizado con el uso de marcadores AFLP (Cañas-Gutiérrez et al. 2015), y a partir del mismo se encontró que las poblaciones de este cultivo presentan gran similitud genética dada su cercanía geográfica. Actualmente, la estudiante de doctorado en ciencias agropecuarias Gloria Patricia Cañas Gutierrez se encuentra evaluando 10 microsatélites en la especie para ampliar la información generada por los AFLP. Su proyecto doctoral también tiene contemplado realizar la secuenciación de cuatro genes nucleares previamente analizados en la especie para analizar la historia genética del cultivo y su filogeografía, ya que en el genbank hay secuencias de aguacate de sus posibles orígenes geográficos (México, Antillas, Guatemala) y secuencias de otros países que nos permitirán comparar la genética de nuestras poblaciones de aguacate criollo y las variedades de aguacate sembradas en otras partes del mundo. Este trabajo hace parte de la tesis de doctorado en Ciencias Agrarias de Gloria Patricia Cañas Gutiérrrez de la Universidad Nacional de Colombia, sede Medellín