Si bien Colombia existe como republica desde 1810, las dinámicas políticas y etnográficas se desarrollaron de manera independiente según las necesidades de cada región. Con la independencia, se construye un concepto de nación, identidad y de pertenencia que solo se explicito en la constitución de 1991 mediante la formulación de los derechos fundamentales y se crearon los mecanismos para su protección. Sin embargo, la diversidad étnica de los pueblos colombianos aun se desconoce. Con este trabajo se pretende caracterizar genética y estructuralmente la población de la Guajira en el marco histórico colombiano. En el campo genético la gran mayoría de estudios biológicos se han concentrado en las principales ciudades del país dejando de lado lugares que están en peligro de perder su gran diversidad étnica como la Guajira donde la etnicidad ha desempeñado un papel importante en la configuración del tejido cultural. Pese al sometimiento constante a presiones por parte del poder español en cabeza de las autoridades civiles, eclesiásticas y militares, esta población ha prevalecido. Hoy en día, dicha variabilidad enfrenta los riesgos que le impone la modernidad. Es labor, en la construcción de proyecto de país, conservarla pero primero debemos conocerla. Con el aporte de información sobre la caracterización genético poblacional del departamento de la Guajira a través del estudio de sistemas microsatélites, se permitirá un acercamiento al entendimiento de la identidad regional y por lo tanto nacional. Además, estos estudios son importantes desde la perspectiva forense porque permiten la establecer estándares para resolver casos de paternidad, criminalística en regiones azotadas por el conflicto armado y permiten corroborar estudios antropológicos que explican las dinámicas y evolución de los diversos grupos que habitan el país.