Blastocystis spp. Es un parásito con alta prevalencia en la población a nivel mundial, sobre todo en países en vías de desarrollo. Las investigaciones en este microorganismo aún no han sido concluyentes con respecto a su rol patogénico en la población, por lo cual es importante la caracterización epidemiológica para la identificación de factores de riesgo asociados a esta infección y realizar una aproximación a su curso natural. En Colombia, estudios han demostrado que Blastocystis spp., es la infección por parásitos intestinales más prevalente en especial en poblaciones rurales donde ha llegado a ser superior al 40%. Este estudio describirá la tendencia de la prevalencia de la infección por Blastocystis spp., en una población escolar rural durante el periodo 1995-2012, y buscará establecer su asociación con síntomas gastrointestinales, con el fin de dar una información útil para la formulación de políticas de salud pública enfocadas en la prevención y el control de este agente.