La amebiasis, definida como la infección por E. histolytica, es una de las principales causas de morbilidad y mortalidad por protozoarios en el mundo. El humano puede ser infectado por 2 especies más de Entamoeba de mayor prevalencia en la población general que son morfológicamente indistinguibles de E. histolytica: E. dispar, especie comensal y la recientemente descrita E. moshkovskii cuyo rol patogénico aún no está claramente definido, por tanto, se dificulta el diagnóstico y puede llevar al uso de tratamiento innecesario. Actualmente a nivel mundial existe la necesidad de conocer datos epidemiológicos de esta infección identificando de manera diferencial las tres especies. En estudios previos realizados por el grupo de investigación se aisló E. moshkovskii en muestras de aguas residuales de uso agrícola, lo cual representa una fuente potencial de infección, pero hasta la fecha no se tienen datos acerca de la infección por E. moshkovskii en humanos en nuestro medio. Este estudio busca mediante la adaptación de un método de PCR identificar de manera diferencial las tres especies del complejo Entamoeba histolytica/E. dispar/E. moshkovskii en muestras de materia fecal de una población escolar de Cundinamarca y proporcionar una herramienta diagnóstica para uso en contexto clínico y epidemiológico.