Colombia es reconocido mundialmente como el principal exportador de Coffea arabica, Cafe de Colombia es la denominación que se le otorga al café 100% arábico producido en las regiones cafeteras del país. Aproximadamente 565.000 familias caficultoras derivan su sustento de esta actividad (Federación Nacional de Cafeteros de Colombia 2010). Actividad que se ha visto amenazada por el crecimiento de hongos patógenos como Phoma que ha provocado considerables pérdidas económicas en cultivos de café, ya que su eficacia biológica y reproductiva es considerada una de las más representativas a nivel de proliferación, pues el daño que ocasionan no sólo se refiere a las pérdidas de producción económica, sino también, a las pérdidas en la producción biológica, es decir, a la alteración que existe en el crecimiento y desarrollo de las plantas hospederas (Cárdenas, et al., 2012). Además, la variación climática ocurrida en los últimos años ha ocasionado un incremento de las enfermedades asociadas al café, siendo la muerte descendente una de las enfermedades con mayor registro de incidencia (Gil y Leguizamón, 2000). Por lo anterior y teniendo en cuenta las pérdidas económicas que dicha enfermedad está causando a los caficultores, es necesario realizar estudios que permitan conocer el comportamiento y el control del agente causal de la muerte descendente del cafeto en departamentos donde se produce café con Denominación de Origen, como en el Huila, Cauca donde ha sido mayor la incidencia de la enfermedad (Gil y Leguizamón, 2000), y otros como Valle del Cauca y Caldas. Aislar especies del género Phoma de diferentes zonas cafeteras permitiría conocer la distribución de la enfermedad en esas regiones, establecer la asociación entre la ubicación geográfica, la variedad y la presencia del patógeno. Todo orientado al desarrollo de programas de manejo de la enfermedad. La incorporación de técnicas moleculares permitirá diferenciar las especies del patógeno y asociarlas a variedades y regiones, conocer la variabilidad, determinar si hay estructura genética (relación entre grupos genéticos y regiones). Evaluar la patogenicidad de las cepas, permitirá diferenciar las cepas patogénicas de las no patogénicas, conocer así mismo si hay relación entre la patogenicidad y las regiones de origen de las muestras, además permitirá desarrollar e implementar métodos de evaluación del daño causado por el patógeno. Al estudiar el proceso infectivo mediante microscopía óptica de alta resolución y microscopia electrónica se conocerá a nivel ultraestructural cómo se desarrolla la infección al interior de los tejidos de la planta. Este es un elemento integrador que complementará los estudios de patogenicidad. El empleo de la Nanotecnología como una alternativa antifúngica proporcionará una herramienta viable en los sistemas de protección de cultivos permitiendo el desarrollo de estrategias adecuadas y métodos precisos de manejo, además la obtención de las nanopartículas es una tecnología de bajo costo comparada con otros métodos de control y que es amigable con el medio ambiente.