La avicultura de traspatio constituye un renglón económico importante en las familias de la población rural campesina, afrodescendientes e indígenas de Colombia, estas aves están manejadas y conservadas en sistemas de producción tradicional, por los pequeños avicultores.Particularmente la gallina criolla se caracteriza por tener algunas ventajas comerciales tales como clueques, habilidad materna, rusticidad (Valencia, 1999). Además presentan variedad de biotipos de diferentes colores de plumas y rasgos morfológicos que se encuentran distribuidos ampliamente en el país (Rúales., et al 2009). Sin embargo, es un recurso genético en vía de extinción y su recuperación, conservación y mejoramiento puede ser en el futuro una alternativa para la solución de algunos de los problemas que presenta la avicultura moderna y un mercado en potencia para los agricultores inmersos en la economía campesina. (Valencia, 2009). La gran mayoría de los investigadores han concluido que el centro de origen de la especie Gallus domesticus es el sur y sudoeste de Asia y particularmente la India, resaltando las siguientes especies: Bankiva, Ceilan, Sonnerat y De Java o de Cola ahorquillada y se ha discutido acerca si la gallina doméstica se originó de una sola especie primitiva o monofilético (Gallina de Bankiva), o si es el resultado del cruzamiento de varias especies primitivas o polifilético (Valencia, 2011). Sin embargo aún no es claro su origen y la difusión en distintos lugares del mundo. La caracterización de los sistemas de producción tradicional permite conocer la relación que existe entre estas aves y la cultura rural, además conocer la producción, reproducción, sanidad, el destino de la producción y el conocimiento ancestral que por años se ha difundido a las nuevas generaciones (Zaragoza et al., 2012). La morfología permite conocer la variabilidad y frecuencia de apariencia de rasgos fenotípicos, de igual manera la estructura externa, producto de adaptación al cambio evolutivo por más de 500 años (Juárez et al., 2003). El uso de ADN mitocondrial, es una herramienta que permite conocer la diversidad genética, entender la evolución y domesticación de las aves de traspatio, además permite establecer pautas geográficas de la distribución en los distintos lugares del mundo, de igual manera la reconstrucción de filogenias(FAO, 2010). Esto es posible debido a que el ADNmtno presenta ninguna forma de recombinación puesto que se transmite exclusivamente a través de linajes maternos. Usualmente, son referenciados como haplotipos con múltiples alelos y las relaciones evolutivas son interpretadas como estimaciones de filogenia matriarcal (Vaiman, 1999).Hasta el momento Pocos estudios se han reportado en aves criollas suramericanas. Góngora et al., (2008) encontró en gallinas araucanas chilenas haplotipos de origen indo europeo y asiático. En Colombia aún se desconoce la diversidad mitocondrial de las gallinas criollas. Dentro de este contexto, el presente trabajo de investigación tiene como objetivo caracterizar los sistemas de producción tradicional, la morfología y diversidad mitocondrial en el suroccidente colombiano.