Proyectos
Multi-view learning for integrative analysis of heterogeneous omics data
Resumen
Los resultados experimentales de los ensayos de genómica funcional son las consecuencias de las dependencias entre elementos funcionales del genoma, sus ácidos nucleicos y productos proteicos. Existen varios enfoques para identificar las relaciones entre los componentes celulares basados en análisis diferenciales de los elementos medidos y la agrupación de dichos elementos en módulos, así como métodos que intentan inferir estados y trayectorias celulares. En este proyecto estudiamos técnicas de aprendizaje de máquina de múltiples vistas y sus aplicaciones a conjuntos de datos multi-ómicos. Buscamos demostrar la capacidad de estos métodos para identificar patrones, priorizar vacíos en información y aprovechar la redundancia inherente en los datos existentes. Se busca proponer nuevos análisis integradores sobre los grandes repositorios de datos ómicos existentes, útiles para explorar modelos de función celular y de procesamiento de información en la célula. Los algoritmos y modelos existentes para la identificación de procesos celulares en datos multi-omicos presentan limitaciones para integrar colecciones de experimentos heterogéneos. Así mismo, las técnicas de modelamiento de sistemas celulares están limitadas por la complejidad del sistema objetivo, y aunque se han construido modelos predictivos, su falta de interpretabilidad limita su utilidad. La dificultad principal es la identificabilidad de los modelos propuestos a partir de los datos debido a factores ambientales y genéticos, y la dificultad para distinguir la causalidad de la correlación y el ruido en la mayoría de los conjuntos de datos. Sin embargo, debería ser posible explotar la redundancia, la alta correlación y la no negatividad de los datos multi-ómicos. El impacto potencial del crecimiento en el volumen, la variedad y la complejidad de los datos ómicos en aplicaciones como el cáncer y la medicina de precisión, podría lograrse mediante el uso de modelos integradores adecuados. El aprendizaje de múltiples vistas podría ayudar a escalar las dificultades inherentes de trabajar con datos ómicos de alta dimensionalidad al explotar la complementariedad, causalidad y heterogeneidad mutuas presentes en los datos multi-ómicos.
Convocatoria
Nombre de la convocatoria:CONVOCATORIA 785 DE COLCIENCIAS PARA DOCTORADOS NACIONALES 2017
Modalidad:Modalidad única. Convocatoria 785 de Colciencias para Doctorados Nacionales 2017
Responsable