La resistencia antimicrobiana, es una de las principales amenazas en salud pública, causando una alta tasa de morbilidad y mortalidad, que involucra diferentes especies bacterianas y diversos mecanismos de resistencia. Se estima que la resistencia a antibióticos causa la muerte de 700 000 personas al año y algunos expertos predicen que el número podría llegar a 10 millones para 2050 si no se hacen esfuerzos para controlar la resistencia o para el desarrollo de nuevos antibióticos [Willyard, 2017]. En Latinoamérica, la información disponible es muy incipiente, algunos países vigilan estos eventos en sus instituciones de salud, pero no tienen reportes nacionales y otros aún no cuentan con una vigilancia estructurada en los servicios de salud. Colombia no es la excepción, aunque se han realizado algunas aproximaciones en estudios retrospectivos para entender esta problemática asociada a estos eventos [Hernández-Gómez et al.,2015; Villalobos et al.,2014], aún no se cuenta con un sistema estructurado que permita realizar el seguimiento de las bacterias Gram-negativas multirresistentes causantes de Infecciones Asociadas a la Atención en Salud (IAAS). Una de las alternativas viables, para enfrenar esta problemática, es el uso de la secuenciación de genoma completo de las bacterias, como método de diagnóstico molecular bacteriano, que ya está siendo usada en laboratorios clínicos de USA, como una herramienta de rutina microbiológica para identificar y proponer tratamiento para las enfermedades infecciosas. Además, NGS permite la identificación, independiente de cultivo, de una gama de patógenos en muestras complejas, incluyendo muestras clínicas, ambientales, y de alimentos [Graf et al., 2016; Sabat et al., 2017; Mostro & Moran-Gilad, 2017; Jennings et al, 2017 ]. A través del análisis de la información del genoma completo de las bacterias, multirresistentes o causantes de brotes, se beneficiarían los pacientes ya que esta estrategia permite la extracción y la inferencia de toda la información clínicamente relevante del genoma (como los atributos de virulencia o determinantes de resistencia) y con ello un análisis filogenético rápido. Particularmente una herramienta de diagnóstico molecular, integrada a un sistema de información on-line, le permitiría a las instituciones hospitalarias responder ante los brotes de manera casi instantánea y tener la capacidad de monitorear, en tiempo real, la diseminación de los patógenos en diferentes áreas geográficas mediante la cual, se puedan integrar a la vez, tanto la información genómica, fenotípica, con los datos clínicos, con el fin de proponer a los entes gubernamentales e institucionales en salud, estrategias más adecuadas encaminadas a la prevención, seguimiento y uso adecuado de los antibióticos. Teniendo en cuenta este planteamiento, el objetivo general para este proyecto es realizar el seguimiento epidemiológico y el diagnostico molecular de la resistencia y la virulencia de bacterias Gramnegativas multiresistentes causantes de IAAS, basados en secuenciación de genoma completo (WGS) y datos sociodemográficos y clínicos, a través de la implementación de una plataforma de secuenciación de la nueva generación (NGS), acoplada un sistema bioinformático para el almacenamiento y análisis de datos genómicos y clínicos, accesible a través de Internet y disponible para integrar los datos que se vayan generando, en una entidad hospitalaria como el Hospital Universitario Nacional, en la región y en el país. Esta plataforma deberá contar con los protocolos de seguridad necesarios, que garanticen el acceso restringido a los datos, en especial los referentes a las características de los pacientes. Para ello, se utilizarán aislados clínicos colombianos de Pseudomonas aeruginosa y Klebsiella pneumoniae multirresistentes causantes de IAAS, recolectadas por el Hospital Universitario Nacional durante los años 2018-2019.