El diagnóstico de la infección por M. tuberculosis en muestras de tejidos ha sido principalmente realizado a través del estudio histopatológico, este se basa en el hallazgo de una reacción inflamatoria crónica de tipo granulomatoso (presencia de granulomas) acompañada de necrosis de caseificación y células gigantes tipo Langhans; con la ayuda de la coloración de ZN (Zhiel Nielsen) se ponen en evidencia los bacilos ácido alcohol resistentes causantes de la lesión. Sin embargo la sensibilidad de la histopatología para el diagnóstico de la tuberculosis es baja (32-40%). Por otro lado mediante la histoquímica (coloración de ZN) sólo se puede hacer una aproximación al carácter ácido alcohol resistente del microorganismo sin poder establecer con certeza si se trata o no de tuberculosis o de otra forma de micobacteriosis. En la última década con el advenimiento de la biología molecular, técnicas como la reacción en cadena de la polimerasa (PCR) han sido implementadas para el diagnóstico de la tuberculosis, logrando un avance sustancial, pues esta técnica conjuga una alta sensibilidad con una muy buena especificidad. Con base en las consideraciones previas resulta pertinente implementar una metodología de diagnóstico para infección por Mycobacterium tuberculosis que conjugue las mejores virtudes de la histopatología y la técnica de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Una técnica que conjuga las anteriores características es la Hibridación Cromogénica In Situ (CISH). Esta técnica que se basa en el principio de la Hibridación Fluorescente In Situ (FISH) con la diferencia de que reemplaza la molécula de fluorocromo por un cromógeno y que para su interpretación requiere de un microscopio óptico convencional en contraposición al FISH que demanda un microscopio de epifluorescencia;