Con base en los resultados obtenidos en la primera fase de esta investigación, que permitieron determinar que los compuestos de carácter triterpenoidal (triterpenos, esteroles y cetoesteroles) aislados de basidiomicetos, presentan actividad antimicrobiana de moderada a fuerte frente a los microorganismos Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa y Salmonella enteritidis sp., se plantea esta segunda fase en busca de establecer con claridad las estructuras de los metabolitos responsables de dicha actividad, así como la relación estructura - actividad y la comparación entre dichos metabolitos presentes en los hongos obtenidos por FEL con especies nativas recolectadas en la zona huilense con miras a la bioprospección de las setas de esta región de la cual se inicio el inventario micológico. De algunos de los hongos silvestres recolectados se realizaron ensayos preliminares en busca de los bioactivos de interés encontrándose resultados promisorios lo que resalta la importancia de continuar con su estudio. No menos importante fue lo encontrado sobre el efecto de la temperatura empleada para el secado del micelio obtenido biotecnológicamente, la cual influye de manera drástica en el contenido tanto de triterpenos como de ácidos grasos, disminuyendo el valor nutri y nutraceutico del hongo y desvirtuando de alguna manera el objetivo de la biotecnología. Este resultado motivo a los biotecnólogos a introducir cambios en dicha fase del proceso para lo cual emplearan ahora la liofilización, el spray dryer e infrarrojo. Por esta razón, otro objetivo de esta segunda fase es establecer el efecto sobre la posible descomposición de los triterpenos antimicrobianos contenidos en el micelio al emplear cada una de estas técnicas. Otro hallazgo de gran relevancia fue la determinación de exo triterpenoides (triterpenoides contenidos en el medio de cultivo), hecho que facilita el aislamiento de los bioactivos de interés, con la ventaja de la disminución en los procesos de purificación y los tiempos de consecución de los antimicrobianos, lo cual es muy atractivo para la industria farmacéutica. Con base en esto se abordara la implementación de la metodología para dar respuesta a las actuales necesidades de la biotecnología fúngica.