La búsqueda, caracterización y evaluación de actividades ecológicas de microorganismos es de gran interés para determinar su potencial en estudios de bioprospección, que se fundamenta en actividades de conocer, conservar y utilizar de manera racional y sostenible los recursos biológicos. En el presente proyecto se llevarán a cabo estudios de investigación básica y aplicada de microbiota de ecosistemas naturales, agroecosistemas, ambientes intervenidos, en diferentes tópicos de la microbiología tales como biorremediación, fitopatología, biodeterioro, microbiología del suelo y de ambientes extremos.