Las praderas de pasto marino son uno de los ecosistemas costeros someros de mayor productividad, proveen alimento y refugio para muchas especies, estabilizan el fondo marino, mejoran la calidad del agua y reducen la erosión costera. En las últimas décadas, la perdida de estos ecosistemas en muchas partes del mundo ha sido ingente, con consecuencias ecológicas y económicas importantes. Análisis de genética poblacional sobre varias praderas ha dado resultados contrastantes, revelando desde poca o nula variabilidad a una heterogeneidad casi total; por lo tanto, la estructura poblacional de estos ecosistemas no se comprende bien, y hace problemático su manejo en términos de conservación y restauración. El presente estudio pretende analizar la variabilidad genética de dos praderas de Thalassia testudinum, la especie dominante en aguas someras, en la isla de San Andrés, Caribe colombiano, con el utilizo de microsatélites. Es el primer estudio de genética de poblaciones de Thalassia en el país y pretende constituir una base para futuros planes de manejo y restauración.