El tomate S. lycopersicum L., es la hortaliza mas importante de Colombia y el mundo. En Colombia a pesar de que la producción de tomate se ha expandido a casi todos los departamentos del país, las áreas sembradas parecen haber disminuido en los últimos años, pasando de 17.264 has sembradas en el año 2000 a solo 8.688 has en el 2007, para una reducción de la producción del 35% (Corporación Colombia Internacional, 2006). Una de las principales causas de la disminución en la producción del cultivo es la aparición de nuevas enfermedades virales en el país, en especial aquellas causadas por virus del género Begomovirus (Morales et al. 2002; Franco Alirio Vallejo, comunicación personal). La presente propuesta pretende realizar una evaluación morfológica y molecular de poblaciones segregantes de tomate obtenidas a partir del cruce interespecíficos entre S. lycopersicum y S. habrochaites con el fin de encontrar plantas que presente resistencia o tolerancia al ataque por begomovirus, virus transmitidos por mosca blanca Benmisia tabaci,. Para la evaluación molecular se determinara la presencia del Begomovirus en los tejidos de la planta y en la mosca blanca Bemisia tabaci biotipo B, (vector del virus) mediante PCR (reacción en cadena de la polimerasa) y RFLP. Los resultados obtenidos permitirán contar con materiales de tomate tolerantes o resistentes a Begomovirus que se podrán utilizar para futuros programas de fitomejoramiento.