Proyectos
ESTRATEGIAS GENÓMICAS PARA LA CARACTERIZACIÓN Y SEGUIMIENTO DE CLONES DE Acinetobacter baumannii MULTI-RESISTENTES CAUSANTES DE INFECCIONES ASOCIADAS A LA ATENCIÓN EN SALUD (IAAS).
Resumen
Los principales causantes de IAAS son microorganismos que han adquirido resistencia a múltiples antibióticos, cuya evolución y persistencia pueden ser controladas en parte, a través la monitorización de la emergencia y diseminación de la resistencia, estrategia propuesta por la OMS. El mayor problema de resistencia en los paà ses de América Latina ha sido el aumento de la prevalencia de Acinetobacter spp (Hernández et al., 2011; Reguero et al., 2012; Leal et al., 2011) La resistencia de Acinetobacter baumannii se debe a su capacidad para adquirir información genética, por transferencia horizontal. Estudios epidemiológicos se enfocan al análisis de genes de virulencia y resistencia, dejando por fuera el análisis del ambiente genético, indispensable para esclarecer los mecanismos de diseminación de su resistencia. Los acercamientos genómicos aplicados a A. baumannii mustran su flexibilidad y versatilidad genética, por lo que la secuenciación y anotación de su genoma, constituye una estrategia rápida y eficiente para la identificación exhaustiva de genes de resistencia en aislamientos de interés clà nico causantes de IAAS. Objetivos General: Analizar, comparar y ponderar la información de los genomas de cepas de Acinetobacter baumannii, para establecer estrategias de epidemiologà a molecular, que puedan contribuir al fortalecimiento de los sistemas de vigilancia activa de infecciones asociadas a la atención de salud causados por esta especie. Especà ficos: ? Establecer las relaciones genéticas entre aislamientos de Acinetobacter baumannii obtenidos de infecciones hospitalarias asociadas a la atención de salud causadas por este microorganismo. ? Establecer caracterà sticas genéticas y microbiológicas de los representantes de los clones identificados ? Identificar las informaciones clà nicas y epidemiológicas necesarias para hacer el seguimiento de las IAAS causadas por A. baumannii. Metodologà a Muestras: Se incluirán los aislamientos de Acinetobacter baumannii causantes de IAAS que se encuentran en el cepario del Laboratorio de Epidemiologà a Molecular del IBUN (2005-2010). Se realizarán perfiles de sensibilidad a antibióticos por el método de difusión en disco y la determinación de la concentración mà nima inhibitoria (CMI) (CLSI, 2012). La tipificación molecular de las muestras utilizando Rep-PCR (Diversilab?) y de mutilocus sequence typing MLST (Larsen et al., 2012). Se seleccionarán, para secuenciación total del genoma, las cepas de A. baumannii de importancia clà nica y epidemiológica. El DNA de las cepas seleccionadas será obtenido y purificado con el kit DNeasy (Qiagen®) y la secuenciación de los genomas se realizará utilizando secuenciadores de nueva generación (NGS), como los de las compañà as Illumina, Pacific BioScience o Roche 454, ente otras, de acuerdo con la relación calidad/costo/beneficio. Las secuencias serán ensambladas de novo, con herramientas como Velvet (Zerbino & Birney, 2008), Abyss (Simpson et al., 2009), etc. La anotación automática de los genes se realizará utilizando Prokaryotic Genome Annotation Pipeline (PGAAP) (Angiuoli et al., 2008) y RAST (Aziz et al., 2008). Los resultados obtenidos se almacenarán una base de datos local en MySQL implementada especialmente para este efecto. Con base en las recomendaciones de la OMS y la legislación Colombia, se identificarán los datos epidemiológicos y clà nicos necesarios para hacer el seguimiento de las IAAS causadas por A. baumannii.
Convocatoria
Nombre de la convocatoria:ES TIEMPO DE VOLVER
Modalidad:ES TIEMPO DE VOLVER
Responsable