El Potencial Electrostático Molecular (PEM) se ha convertido en una herramienta fundamental para elaborar teorías y modelos químicos que expliquen la reactividad de las moléculas. A partir del principio clásico de que: cargas del mismo signo se repelen y cargas de signo opuesto se atraen, los químicos han podido entender y predecir la reactividad química en muchos contextos; gracias a la comparación del PEM este sencillo concepto se ha enriquecido. Sin embargo, debido a que se trata de un campo escalar que depende de tres variables espaciales, la comparación cuantitativa, sistemática y objetiva de los PEMs no se ha desarrollado de la misma manera que las herramientas que permiten su comparación visual. Ésta a pesar de ser rápida y de que permite una fácil identificación de algunas características claves, no es aplicable a grandes conjuntos de moléculas. Además, la mayoría de los pocos métodos cuantitativos disponibles para comparar PEMs requieren de un alineamiento explícito de los esqueletos nucleares, lo cual se convierte en un inconveniente cuando dichos esqueletos no tienen muchos elementos comunes. Con este panorama en mente, el propósito con el que emprendemos este proyecto es generar un método que nos permita comparar PEMs de una manera objetiva y automatizada, que reemplace la comparación visual y que además no requiera el alineamiento de los esqueletos moleculares. Para esto buscaremos la manera de codificar características topológicas del PEM en un grafo, tales como continuidad, conjuntos cerrados, conexidad, complementos, etc. Al representar el PEM como un grafo, y no como una superfice molecular particular embebida en un espacio 3D, eliminaríamos la necesidad de alinear las moléculas para comparalas. En cuanto a la comparación cuantitativa de los grafos, se implementarán algunas de las métricas ya existentes para este fin y así poder definir una medida de similitud que finalmente se interpretaría como la similitud molecular. Una vez construido el modelo será necesario evaluarlo con un conjunto de moléculas estándar y establecer la coherencia con medidas de similitud existentes. Si bien, una de las líneas de investigación del gupo de química teórica están en las interacciones entre biomoléculas, el modelo que se propone construir es completamente general, por lo cual se constituye como un aporte para estudiar la similitud molecular en cualquier tipo de moléculas.