La filogeografía comparada permite probar la hipótesis de si diferentes taxones codistribuidos en una región y que han evolucionado independientemente están influidos por los mismos factores ecológicos y evolutivos que afectan de manera simultánea su estructura genética y la distribución actual de sus poblaciones. La mayoría de los estudios han probado que la estructura filogeográfica de especies marinas codistribuidas son afectadas por barreras biogeográficas, pero de manera segregativa en taxones que contrastan en historias de vida. Para el caso del Caribe colombiano, por tener una historia geológica con diferentes sucesos de cambios en la geomorfología de la línea costera debido a la variación del nivel del mar durante el último periodo de glaciación y al movlevantamiento de los sistemas montañosos de la cuenca Caribe, se convierte en un escenario importante para probar la hipótesis anterior. La historia cuenta que la plataforma continental cambió en más de una ocasión, junto con la dirección de las corrientes marinas y la ubicación de la desembocadura del río Magdalena (RM). Lo anterior pudo afectar de manera general la estructura filogeográfica de la comunidad de organismos marinos en esta región. Sin embargo, los pocos estudios se han enfocado por evaluar al RM como una barrera sin lograr determinarlo. Esos estudios tomaron en cuenta sólo una especie y la mayoría con vida larval pelágica; utilizaron pocos marcadores moleculares; y con errores en el diseño de muestreo que en ocasiones no incluyeron localidades de Colombia. Otra posible barrera es la estribación de SNSM, que causó una ruptura en la plataforma continental en el mar, y se demostró hasta ahora que afecta la conectividad genética de una sola especie de aguas someras que carece de larvas pelágicas. Así mismo, recientes estudios sin publicar insinúan que especies con larvas pelágicas del Caribe de Colombia están reguladas en su conectividad debido a las corrientes marinas que se desprenden desde la península de La Guajira hacia la parte central del Caribe y la contracorriente Panamá-Colombia. Esto también las sugiere como posibles factores físicos que están regulando el patrón filogeográfico en la región. Consecuente con todo lo anterior, es evidente que los organismos marinos asociados a la plataforma continental del Caribe de Colombia fueron susceptibles a los cambios ocurridos en la línea costera y deben conservar en el genoma esos registros históricos que sólo pueden ser revelados bajo los métodos analíticos de la filogeografía comparada y de la genómica como fuente de información. Por lo tanto, se propone al Caribe de Colombia como un escenario para evaluar la existencia e importancia relativa de barreras biogeográficas sobre el patrón filogeográfico de especies marinas que contrastan en historias de vida. Para esto se seleccionaron seis especies, de las cuales tres tienen limitación en su dispersión larval (Sciades proops, Opistognathus aurifrons y Urobatis jamaicensis) y tres con mayor capacidad de dispersión (Eucidaris tribuloides, Acropora palmata y Eugerres plumieri). A cada especie se le tomarán muestras de tejido en seis sectores de Colombia: el Cabo de la Vela-Riohacha, Santa Marta-Ciénaga, Cartagena-Barú, Isla Fuerte, Capurganá y San Andrés-Providencia. Una vez extraído el ADN, se utilizará el método RAD tag para generar miles de fragmentos cortos del genoma parcial de cada individuo muestreado para cada especie. Con la librería secuenciada se realizarán las alineaciones, ensamblajes del genoma y la identificación de SNPs y de sus genotipos. Las estimaciones se realizarán por ventanas de secuencias será de 1Mb, a las cuales se le realizarán las estimaciones de variabilidad genética. Así mismo, con AMOVA y los estadísticos de Fst se determinará si el RM, la SNSM, la corriente del Caribe y el giro Panamá-Colombia pueden ser consideradas barreras biogeográficas para cada una de las especies.