Las herramientas moleculares se han convertido en una parte esencial de innumerables estudios en sistemática y conservación de biodiversidad (Hillis et al., 1996), aportando información a través de una gran escala investigativa; partiendo de la evaluación genética dentro de un individuo, biología poblacional, hasta relaciones a nivel de especie y estudios que rastrean antiguas divergencias entre linajes basales (Rubinoff, 2005). Las técnicas moleculares han transformado la capacidad de los científicos para describir y definir la diversidad biológica (Bickforld et al., 2006). El advenimiento de los métodos de genética molecular para investigación de la variación intra-específica ha contribuido significativamente en la comprensión de la biodiversidad y relaciones filogenéticas en tortugas continentales y marinas (Fritz y Havaš, 2007). Sin embargo, aunque el número de especies reconocidas de quelonios no es muy alto, la diferenciación filogeográfica y estado de conservación genético son desconocidos para la gran mayoría de estos. Esto es especialmente cierto para las especies que se encuentran en el Neo trópico (América central y del Sur), donde relativamente pocos estudios filogeográficos y de genética de poblaciones han sido llevados a cabo (revisión en Vargas-Ramírez et al., 2013). Estos estudios son cruciales para revelar unidades evolutivas significativas (sensus Moritz 1994) que podrían corresponder a taxa no reconocidos o especies cripticas (para quelonios, e.j., Fritz et al., 2008, 2011, 2012a; Praschag et al. 2011; Vargas-Ramírez et al., 2010; Stuckas y Fritz, 2011) y/o unidades de manejo demográficamente independientes (sensus Moritz 1994), de gran relevancia para enmarcar acciones concretas y objetivas de conservación y manejo. Adicionalmente, investigaciones de este tipo esclarecen acerca de eventos y procesos históricos que han podido influenciar la diversidad y estructura genética en quelonios (e.j., Vargas-Ramírez et al., 2010, 2012b; Fritz et al., 2012b, c). Colombia alberga 27 de las 64 especies de tortugas continentales (Testudines) que se encuentran en el Neo trópico. Tres de estas especies son endémicas (ocurriendo únicamente en el país): la carranchina o montañera (Mesoclemmys dahli), la tortuga del Magdalena (Podocnemis lewyana) y el tapaculo del Chocó (Kinosternon dunni). Además de esto, es el país con el mayor número de familias de este orden (Testudines), con nueve y es por tanto considerado como un “hot spot” de biodiversidad de tortugas terrestres y acuáticas (Ceballos-Fonseca, 2002; Rueda-Almonacid et al., 2007). Debido a la pérdida de hábitat y la explotación humana, 12 de estas especies se encuentran en diversos grados de amenazadas (TFTSG, 2011; Castaño-Mora, 2002) y están registradas de la Lista Roja en la UICN (Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza y los Recursos Naturales). Muy pocas especies se encuentran protegidas en algún Parque Nacional Natural y no existen áreas destinadas exclusivamente a la protección de las especies más amenazadas. Así mismo, para la mayoría de estas especies, no se cuenta con información esencial para desarrollar estrategias de conservación. Factores como historia natural, poblaciones existentes, tamaño y determinación de cuáles poblaciones son viables, estudios de diversidad y estructura genética que permitan evaluar el estado de las poblaciones e identificar unidades de conservación y lugares potenciales para reintroducción de individuos capturados por tráfico ilegal de mascotas, son determinantes para tomar decisiones de manejo y conservación. Debido a estas razones, es urgente desarrollar proyectos de investigación en estas áreas, con el objetivo de incrementar el conocimiento científico y proponer acciones concretas de protección y conservación para especies de tortugas continentales colombianas y sus hábitats.