Proyectos
Validación biológica y enriquecimiento funcional de un modelo computacional de hoja, en relación a la interacción planta-patógeno entre Solanum tuberosum y Phytophthora infestans
Resumen
Históricamente el tizón tardío o gota de la papa, como se conoce en Colombia, es el principal factor que afecta la producción de papa (Mosquera et al., 2013; Solano et al., 2014; Li et al., 2014), lo que resulta en cuantiosas pérdidas económicas, además de las problemáticas sociales que causan estas pérdidas de producción. El costo de protección del cultivo se estima en 6,7 mil millones de dólares por año (Hass et al., 2009). A pesar de la importancia económica, ambiental y social que implica esta enfermedad, los principales mecanismos metabólicos involucrados en la respuesta de plantas resistentes (incompatibles) y susceptibles (compatibles) a esta enfermedad causada por el fitopatógeno Phytophthora infestans, no son entendidos completamente (Pinzón et al., 2009). Con el fin de profundizar en dichos mecanismos, el grupo de Investigación en Bioinformática y Biología de Sistemas GiBBS desarrolló el primer modelo computacional de hoja de papa a escala genómica en el contexto de la interacción compatible entre Solanum tuberosum y P.infestans a través de la reconstrucción computacional del metabolismo de la planta y de datos de expresión génica (Botero et al. 2018). El modelo tiene potencial de convertirse en una herramienta a nivel mundial para la investigación in silico de distintos aspectos relacionados con el cultivo además del proceso de patogenicidad. Por esta razón, el presente proyecto busca primero, validar las predicciones realizadas por la investigación de Botero y col. acerca de la pérdida de capacidad fotosintética en la planta durante la interacción compatible con P. infestans probablemente asociada a un mecanismo de defensa. Segundo, refinar el funcionamiento del modelo mediante la inclusión de nueva información biológica (función objetivo principalmente) y tercero, la generación de nuevas hipótesis de trabajo que permitan a investigadores y productores enfrentar de mejor manera distintos aspectos relacionados con el cultivo y producción de este tubérculo. Actualmente, existe múltiples investigaciones que han intentado comprender distintos aspectos de interacción compatible e incompatible entre P. infestans y S.tuberosum, en algunas investigaciones han empleado estrategias como la expresión génica y genómica donde se ha identificado factores que favorecen la interacción, identificando genes y compuestos en la respuesta de defensa de la planta ante la invasión patogénica. Además de esto se ha empleado técnicas de micro arreglos, análisis de transcriptomas y análisis RNA-Seq. Estas metodologías se han empleado para comprender qué genes están involucrados en rutas metabólicas asociadas al sistema de defensa de la planta, sin embargo, todos estos se han abordado desde una visión fragmentada que no permite describir la respuesta compleja de redes de interacción génica, proteica y metabólica que suceden al interior celular. El presente proyecto está pensado desde la interacción y sinergias entre diferentes grupos de investigación pertenecientes a distintas áreas del conocimiento alrededor de la misma temática y tiene la intención de emplear metodologías integrativas, propias de la biología de sistemas, para desarrollar con una mayor robustez el modelo metabólico in silico de la planta. De este proyecto cabe esperar una importante sinergia que se realizará con el grupo de investigación Genética de rasgos de interés agronómico (GiGIA), el departamento de Biología para el estudio más a fondo de rasgos complejos de la papa y el Grupo de investigación en Bioinformática y Biología de Sistemas del Instituto de Genética, para robustecer el modelo computacional y así entregar a la comunidad, no solo académica, sino a cultivadores y productores, una herramienta con gran capacidad predictiva, que permitirá ahorrar enormes esfuerzos de investigación, con alta capacidad predictiva para la formulación de hipótesis de trabajo respecto a diferentes escenarios de investigación y producción en este importante cultivo.
Convocatoria
Nombre de la convocatoria:CONVOCATORIA PARA EL FORTALECIMIENTO DE ALIANZAS INTERDISCIPLINARIAS DE INVESTIGACIÓN Y CREACIÓN ARTÍSTICA DE LA SEDE BOGOTÁ DE LA UNIVERSIDAD NACIONAL DE COLOMBIA, 2018
Modalidad:Modalidad única: Apoyo a la conformación de alianzas entre dos o más investigadores pertenecientes a diferentes facultades o institutos interfacultades de la Universidad Nacional de Colombia, sede Bogotá.
Responsable