En el año 1993 la tuberculosis (TB) fue declarada como emergencia mundial por la Organización Mundial de la Salud (OMS), debido a la deficiencia de los programas de control de la enfermedad en muchos países, a la inmigración, al crecimiento demográfico y a la asociación VIH/SIDA-tuberculosis. En nuestro país la tuberculosis constituye un problema grave de salud pública, cada año se diagnostican cerca de 10.000 casos nuevos. En el año 2005 fueron reportados en total 9118 casos nuevos de TB, de los cuales el 84.1% de los casos fue pulmonar. La tasa total de incidencia de TB en Colombia para el año 2005 fue de 20/100.000 habitantes, esta disminución de incidencia no es real, es debida a la captación deficiente de casos, en nuestro país. La aplicación de técnicas moleculares en tuberculosis tiene gran importancia porque permite determinar los genotipos de M. tuberculosis circulantes, elucidando la dinámica de la transmisión de la enfermedad a varias escalas, por ejemplo permite detectar brotes nosocomiales o institucionales, pseudoinfecciones por contaminaciones ocurridas en el laboratorio, permite diferenciar entre transmisión reciente incluyendo reinfecciones y reactivaciones (hechos antes asumidos sin comprobación). Se tiene poco conocimiento de los genotipos de M. tuberculosis que circulan en la ciudad de Bogotá y en general en el país. El presente estudio pretende caracterizar genotípicamente aislados clínicos de M. tuberculosis obtenidos, en la ciudad de Bogotá utilizando el método molecular Spoligotyping. Los resultados obtenidos tendrán gran impacto en la salud pública, ya que permitirán el fortalecimiento de los sistemas de salud, Permitirá a la Secretaría Distrital de Salud tomar decisiones que redunden en una mejora continua de los programas de vigilancia y control de la TB en esta región del país. Esta propuesta permitirá la formación integral de jóvenes investigadores, de los programas de pregrado y posgrado de la Universidad Nacional de Colombia.