El arroz es el segundo cultivo de importancia a nivel mundial después del trigo, con un área de 160,5 millones de hectáreas sembradas y unos 730 millones de toneladas producidas por año en todo el mundo (FAO, 2016). Colombia es el tercer productor en Latino América, luego de Brasil y Perú (FAO, 2014); para el año 2014 produjo 1.758.739 toneladas con un promedio de 4.34 toneladas por hectárea sembrada (Fedearroz, 2016), sin embargo el rendimiento ha disminuido (Fedearroz, 2016), lo que lleva al uso de una mayor cantidad de fertilizantes con el fin de alcanzar los porcentajes de producción que se tenían al inicio de la revolución verde (Uphoff et al., 2015); en Colombia, el uso de fertilizantes para el cultivo de arroz, representa el segundo reglón en los costos de producción (Fedearroz, 2016), aproximadamente el 60% de estos fertilizantes no son absorbidos por las plantas y termina lixiviado (Tkacz & Poole, 2015), lo que genera un deterioro continuo de los suelos (Fedearroz, 2000; Castilla, 2012). Aunado a este problema, se encuentra la alta producción de residuos de cosecha, por cada tonelada de granos que se produce, se genera aproximadamente tonelada y media de residuos (tamo) que deben ser procesados antes del siguiente ciclo de cultivo (Gupta et al., 2004). La alternativa para procesar tal cantidad de material es la quema a campo abierto con el fin de remover los desechos, eliminar patógenos y emplear las cenizas con el fin de restituir nutrientes (Navarrete et al., 2015); el problema es la gran pérdida de nutrientes, la liberación de gases efecto invernadero (Abril et al., 2009) y de hidrocarburos aromáticos policíclicos (Tipayarom & Oanh, 2007; Abril et al., 2009; Sarkar, et al., 2013; CEC, 2014). Una de las soluciones para mejorar la productividad en el cultivo es el uso del tamo de arroz como fuente de materia orgánica, con el fin de mejorar la biomasa y actividad microbiana (Liu et al., 2011). Sin embargo, la incorporación de la enmienda de carbono lleva a un incremento en la actividad microbiana y conduce a una competencia por nutrientes entre la planta y los microorganismos (Liu et al., 2011), aunque el conocimiento del efecto de una enmienda sobre la diversidad microbiana, las actividades enzimáticas y la productividad de un agroecosistema, aún no ha sido completamente dilucidado (Mendes et al., 2015) particularmente en el cultivo de arroz, con el objeto de entenderla, predecirla y eventualmente manipularla, para mejorar la producción en los cultivos. De acuerdo con lo anteriormente expuesto, el principal objetivo de este trabajo es determinar los cambios en la comunidad microbiana a lo largo del cultivo, posterior a la aplicación de una enmienda de carbono (tamo) y cómo influyen estos en la productividad en el cultivo de arroz. Para lograr este objetivo, se propone determinar las características físico-químicas y las comunidades microbianas presentes por medio de técnicas como la secuenciación, con el objeto de determinar los cambios en la estructura y función de las comunidades microbianas, producto de la enmienda aplicada. Se espera prever cambios en las comunidades relacionadas con los ciclos biogeoquímicos del carbono y fósforo, que tengan un impacto en la productividad del cultivo.