El Grupo interdisciplinario de investigación en: Epidemiología molecular de la infección intrahospitalaria conocido como EPIMOL es un grupo transdisciplinario para la investigación y el manejo de infecciones asociadas al cuidado de la salud. Lleva a cabo la recolección de muestras en cada uno de los centros hospitalarios en estudio de acuerdo con los criterios de la CDC para infección intrahospitalaria, realiza el aislamiento e identificación de los aislados en el laboratorio de Microbiología de cada una de las instituciones, en donde adicionalmente se generan los antibiogramas (prueba de tamizaje para betalactamasas de espectro extendido) y prueba confirmatoria. Posterior a la confirmación en el laboratorio de epidemiología molecular del IBUN se realiza caracterización de los aislamientos por técnicas moleculares encaminados a establecer la estructura genética de las poblaciones bacterianas y los mecanismos de resistencia a antibióticos con la ayuda de herramientas de la bioinformática. A partir de toda la información generada junto con las ficha de recolección de la información clínica con el soporte de el comité de infecciones de cada uno de los centros hospitalarios bajo estudio propone sistemas de información sobre la resistencia bacteriana y las características genéticas de las poblaciones bacterianas asociadas a la infección intrahospitalaria, que sirven de referencia y consulta para la comunidad científica y académica, instituciones de salud y en general los interesados en el tema.

• BIO INFORMATICA
• EPIDEMIOLOGÍA CLINICA

La resistencia de los microorganismos a los antibióticos se ha propagado tan extensamente que además de ser un problema clínico también se ha convertido en un factor de importancia epidemiológica y socioeconómica, por lo cual fue declarada en 1999 por la Organización Mundial de la Salud como un problema de salud pública. El uso excesivo e indiscriminado de antibióticos en la comunidad y en los hospitales es probablemente el principal factor que ha estimulado la emergencia de microorganismos patógenos resistentes a estos medicamentos. Las infecciones nosocomiales causadas por microorganismos mono o multirresistentes son de difícil tratamiento y se han relacionado directamente con el aumento de las tasas de morbilidad y de mortalidad; a su vez incrementan las estancias hospitalarias y aumentan significativamente el costo de la atención. Además, si el paciente se convierte en portador, se facilita la diseminación de estos organismos en la comunidad. Entre los microorganismos resistentes a antimicrobianos, las enterobacterias productoras de betalactamasas de amplio espectro (que incluyen betalactamasas de espectro extendido (BLEE) y betactamasas no BLEE) se han constituido en un problema clínico importante debido a la presencia de factores mediadores de resistencia a diferentes tipos de antibióticos, lo cual hace que las infecciones intrahospitalarias causadas por este tipo de microorganismos sean de difícil tratamiento. En este contexto el grupo de investigación ha abordado el problema de una manera interdisciplinaria lo que permite la recolección de las muestras bacterianas desde las instituciones hospitalarias su identificación y posterior genotipificación a través de tecnologías de secuenciación de alto rendimiento y análisis bioinformáticos. El análisis multivariado tanto de los datos epidemiológicos como de la caracterización molecular de los aislamientos estudiados permiten la generación de estrategias de manejo a nivel hospitalario.

De acuerdo con la información suministrada por la red hospitalaria se priorizan las especies bacterianas a estudiar, en las últimas décadas la resistencia a beta-lactámicos en miembros de la familia Enterobacteriaceae se ha aumentado de manera importante en todo el mundo incluido Colombia por lo que se ha priorizado el estudios de especies como Klebsiella pneumoniae y Echerichia coli han sido los microorganismos más reportados como productores de BLEE; sin embargo, también han sido encontradas en Proteus spp, Providencia spp, Morganella morgani y Salmonella spp.

Desde su creación el grupo de investigación trabaja con investigadores de diferentes disciplinas como microbiólogos, bacteriólogos, biólogos moleculares, químicos farmacéuticos, médicos epidemiólogos y especialistas en bioinformática, ya que el enfoque que tomamos para contribuir a la solución del problema requiere de las profesiones y disciplinas mencionadas. El grupo de investigación con la vinculación de más docentes de la Universidad espera convertirse en un actor importante dentro de la red pública de hospitales del distrito, así mismo se trabajará en la formulación de proyectos de investigación que involucren grupos de investigación internacionales, con el propósito de lograr recursos que permitan el trabajo técnico conjunto.

Diagnóstico molecular de resistencia y virulencia, y seguimiento epidemiológico de bacterias Gram-negativas multirresistentes causantes de IAAS, basado en secuenciación de genoma completo (WGS) y datos sociodemográficos y clínicos.

CARACTERIZACIÓN GENÓMICA DE CEPAS COLOMBIANAS DE Providencia rettgeri PRODUCTORAS DE METALOBETALACTAMASAS AISLADAS DURANTE EL PERÍODO 2012 – 2015.

GENOMICA ESTRUCTURAL DE PLATAFORMAS MÓVILES DE RESISTENCIA: ESTUDIO DE INTEGRONES EN CEPAS DE ACINETOBACTER BAUMANNII MULTIRRESISTENTES

Epidemiología molecular aplicada al estudio de la diseminación de elementos genéticos móviles asociados con genes blaCTX-M en aislamientos hospitalarios de Enterobacteriaceae.

IDENTIFICACIÓN DE VARIANTES DEL GEN blaCTX-M-1 EN AISLAMIENTOS DE ENTEROBACTERIAS PROCEDENTES DE DOCE HOSPITALES PERTENECIENTES A LA RED ADSCRITA A LA SECRETARIA DISTRITAL DE SALUD

• Caracterización molecular de un brote por Klebsiella pneumoniae productora de CTX-M-12 en la unidad de cuidado intensivo neonatal de un hospital colombiano (Artículos sometidos a revisión en revista indexada.)
• Estandarización y evaluación de tres sistemas de rep-PCR para la tipificación de Klebsiella pneumoniae (Artículos sometidos a revisión en revista indexada.)
• Caracterización molecular de aislamientos de enterobacter cloacae multirresistentes, productores de beta-lactamasas provenientes de pacientes de un hosptal de tercer nivel de Bogotá (Artículos sometidos a revisión en revista indexada.)
• Antibiotic resistance patterns of Acinetobacter calcoaceticus - A. baumannii complex species from Colombian hospitals. (Artículos sometidos a revisión en revista indexada.)
• Draft Genome Sequences of Multidrug-Resistant Acinetobacter sp. Strains from Colombian Hospitals (Artículos sometidos a revisión en revista indexada.)
• Análisis genómico del resistoma de la cepa de Acinetobacter baumannii ABIBUN 107m multi-resistente y persistente en hospitales colombianos (Artículos sometidos a revisión en revista indexada.)
• Whole-Genome Sequence of a Colombian Acinetobacter baumannii Strain, a Coproducer of OXA-72 and OXA-255-Like Carbapenemases. (Artículos sometidos a revisión en revista indexada.)
• Genome-based characterization of two Colombian clinical Providencia rettgeri isolates co-harboring NDM-1, VIM-2, and other β-lactamases (Artículos sometidos a revisión en revista indexada.)
• Línea de Investigación en salud (Programa o línea de maestría basada en la investigación del grupo)
• Identificacion de variantes del gen bla CTX-Mmediante análisis de polimorfismo conformacional de cadena sencilla (PCR-SSCP) (Tesis de maestría)
• Caracterización de aislamientos de Klebsiellapneumoniae portadores de genes blaCTX-M resistentes a ceftazidima (Tesis de maestría)
• Caracterización de Integrones Clase 1 de EnterobacteriasMultirresistentes Aisladas en Centros Hospitalarios de Bogotá (Tesis de maestría)
• Descripción del ambiente genético del gen bla CTXM-12detectado en aislamientos de Klebsiella pneumoniae en hospitales de tercer nivel de Bogotá (Tesis de maestría)
• Identificación de variantes del gen bla CTX- M1 enaislamientos de enterobacterias procedentes de doce hospitales pertenecientes a la red adscrita a laSecretaría Distrital de Salud (Tesis de maestría)
• Caracterización de plásmidos portadores del gen blaOxa-23en aislamientos hospitalarios del complejo acinetobacter baumannii-calcoaceticus (Tesis de maestría)
• Determinantes genéticos asociados con laresistencia a cefalosporinas, aminoglicósidos y quinolonas en aislamientos hospitalarios de acinetobacterbaumannii (Tesis de maestría)
• Evaluación de la participación de un sistema de eflujo tipoRND, en la multirresistencia de una cepa colombiana de Acinetobacter baumannii (Tesis de maestría)
• Tipipificación epidemiológica de aislamientos de Enterobacter cloacae multirresisitentes productores de betalactamasas de espectro extendido provenientes del Hospital (Tesis de maestría)